영업권 평가 방법, 처분이익이 손익의 절반을 넘는 비상장주식 평가에서 과거 3년 순손익을 못 쓰는 이유

추정이익 평가서가 없다고 해서 과거 실적으로 돌아가는 것도 아닙니다. 서울행정법원 2024구합71015 판결과 서울고등법원 2025누8296 판결이 이렇게 판단했습니다.

추정이익 평가서가 없다고 해서 과거 실적으로 돌아가는 것도 아닙니다. 서울행정법원 2024구합71015 판결과 서울고등법원 2025누8296 판결이 이렇게 판단했습니다.

비상장주식의 평가와 영업권 합산

시가가 없는 비상장주식은 법인세법에서도 상증세법의 보충적 평가방법(시가가 없을 때 법령 산식으로 값을 매기는 방법)을 빌려 씁니다. 법인세법 시행령 제89조 제2항 제2호가 이 연결고리입니다. 같은 호 후단에 따라, 평가 대상 법인이 들고 있는 상장주식은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 평가합니다.

원칙은 1주당 순손익가치와 순자산가치를 3과 2의 비율로 가중평균하는 방식입니다(상증세법 시행령 제54조 제1항). 순손익가치는 최근 3년 순손익 가중평균액을 연 10% 이자율로 나눈 값입니다(시행규칙 제17조).

자산총액 중 주식등의 비율이 80% 이상인 회사는 순자산가치로 평가합니다(시행령 제54조 제4항 제5호). 다만 현행 조문은 단서에서, 3과 2로 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치보다 낮은 경우로 한정합니다. 사건 당시에는 순자산가치로 평가한다는 점에 다툼이 없었습니다.

순자산가액에는 영업권 평가액을 더합니다(시행령 제55조 제3항). 같은 항 단서는 청산 절차가 진행 중인 법인, 사업개시 후 3년 미만인 법인, 3년 계속 결손금이 있는 법인 등을 합산 대상에서 뺍니다. 주식등 비율 80% 이상 법인(제54조 제4항 제5호)은 이 예외 목록에 없습니다. 그래서 다른 예외에 해당하지 않는 투자회사라면 영업권 합산 여부를 따져 봐야 합니다.

과거 실적을 쓸 수 없는 50% 기준

영업권 초과이익금액은 최근 3년 순손익 가중평균액 × 50% − 자기자본 × 10%이고, 원칙적으로 5년의 영업권지속연수를 고려해 환산합니다(시행령 제59조 제2항·제3항, 시행규칙 제19조 제1항).

여기서 '최근 3년 순손익 가중평균액'은 시행령 제56조 제1항(과거 실적, 이하 제1항 가액)과 제2항(추정이익, 이하 제2항 가액)을 준용합니다(시행령 제59조 제3항). 제1항 가액은 최근 연도에 3, 그 전 해에 2, 그 전 해에 1의 가중치를 주어 6으로 나눈 값입니다.

시행규칙 제17조의3 제1항 제6호는 이렇게 정합니다. 기업회계기준상 유가증권·유형자산의 처분손익과 자산수증이익등의 합계액에 대한 최근 3년간 가중평균액이 법인세 차감전 손익에 대한 최근 3년간 가중평균액의 50퍼센트를 초과하는 경우입니다. 같은 항에는 합병·분할·주요 업종 변경(제3호), 1년 이상 휴업(제5호) 같은 사유도 함께 있습니다.

1·2심 판단과 대법원 보도의 범위

사건의 줄거리는 단순합니다. 유가증권 투자·자문 법인이 비상장 자회사 주식 전부 20,000주를 1주당 250원에 취득했습니다. 그리고 최대주주의 며느리인 특수관계인에게 같은 값에 넘겼습니다.

과세관청은 이를 저가양도로 봤습니다(법인세법 제52조, 시행령 제88조 제1항 제3호). 순자산가치에 제1항 가액으로 계산한 영업권을 더해 시가를 다시 매겼습니다. 판례 해설에 소개된 수치로는 1주당 48,400원으로 약 193배였고, 차액 9억 6,300만 원이 익금산입되어 법인세 3,490여만 원이 경정됐습니다.

대상 법인의 유가증권·유형자산 처분손익과 자산수증이익등의 3년 가중평균액이 법인세 차감전 손익 가중평균액의 50퍼센트를 넘은 사실에는 다툼이 없었습니다. 쟁점은 '그래도 제1항 가액을 쓸 수 있는가'였습니다.

1심은 대법원 2010두26988, 2011두31253 판결 등을 참조해 '각 호 사유가 있으면 특별한 사정이 없는 한 제1항 가액을 쓸 수 없다'는 법리를 적용했습니다. 2심은 시행규칙 제3호·제5호처럼 일시적이지 않은 사유도 같은 항에 들어 있다는 점을 들어 과세관청 주장을 배척했습니다.

이 사건은 상고심에서 원고 승소로 확정된 것으로 전해집니다(대법원 2026. 10. 1. 선고 2026두30964, 한국공인회계사회 CPA뉴스 판례 해설 기준). 대법원 판결문은 확인하지 못해 상고 기각의 구체적 이유는 아직 알 수 없습니다. 법리는 1·2심 판결문을 기준으로 읽는 것이 안전합니다.

정리해보면

시행규칙 제17조의3 제1항 제6호의 현행 문언은 2026. 1. 2. 개정 전 구 시행규칙(2심이 적용한 규정)과 같은 내용입니다. 다만 2심은 '특별한 사정'이 있으면 제1항 가액을 쓸 수 있다는 여지를 남겼습니다. 앞으로도 같은 손익을 낼 사업계획이 있다면 결론이 달라질 수 있습니다.

추정이익 평가서가 없다고 불합리한 과거 실적으로 돌아가지 않는다는 1·2심 판단을 확인해야 합니다. 비상장주식 평가와 특수관계인 지분 거래 검토가 필요하다면 창의회계법인 홈페이지를 방문해 주세요. https://changeui.co.kr

—추정이익 평가서가 없다고 해서 과거 실적으로 돌아가는 것도 아닙니다. 서울행정법원 2024구합71015 판결과 서울고등법원 2025누8296 판결이 이렇게 판단했습니다.

—시행규칙 제17조의3 제1항 제6호의 현행 문언은 2026. 1. 2. 개정 전 구 시행규칙(2심이 적용한 규정)과 같은 내용입니다. 다만 2심은 '특별한 사정'이 있으면 제1항 가액을 쓸 수 있다는 여지를 남겼습니다. 앞으로도 같은 손익을 낼 사업계획이 있다면 결론이 달라질 수 있습니다.

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