[한일 조세조약 제한세율] 배당 5%·사용료 10%와 고정사업장 6개월·역년 183일, 일본 진출 전 정리

일본에 자회사를 세우고 한국 직원을 보내기 전에 꼭 펼쳐 볼 문서가 한일 조세조약입니다. 일본 자회사가 한국 본사에 배당·로열티를 보낼 때 일본에서 떼는 세금, 출장 간 직원의 월급에 일본이 세금을 매길 수 있는지, 대표가 일본 법인 이사를 겸할 때의 보수, 나중에 일본 법인 주식을 팔 때 일본이 과세할 수 있는지가 모두 이 조약의 조문으로 정해집니다. 국가법령정보센터 조약 본문, 일본 재무성의 다자협약 자료, 일본 국세청 안내와 한국 법인세법(2026년 10월 확인 기준)을 놓고 한일 조약에만 있는 숫자와 문구를 조문 번호와 함께 정리했습니다.

현행 한일 조세조약은 1998년 서명·1999년 발효 협약에 개정의정서 없이 다자협약 4개 조항만 더해진 구조라 핵심 조문은 1998년 문구 그대로입니다. 일본 KK가 한국 본사에 보내는 돈의 제한세율은 배당 5%(의결권 주식 25% 이상·회계기간 종료 직전 6월 보유 법인)·15%, 이자 10%, 사용료 10%이고, 건설·설치 공사는 6월을 초과해야 고정사업장이며 용역 기간만으로 고정사업장을 의제하는 조항은 없습니다. 직원 단기체재 면제는 역년 183일 이하·일본 거주자 아닌 고용주 지급·일본 고정사업장 비부담을 모두 충족해야 하고, 일본 법인 이사 보수는 체류 일수와 관계없이 일본이 과세할 수 있습니다.

한일 조세조약, 1998년 협약에 개정의정서 없이 다자협약 4개 조항만 더해진 구조

현행 한일 조세조약은 1998년 협약으로, 일본 재무성 조약 목록에 개정의정서가 없고 BEPS 방지 다자협약(MLI)의 4개 조항만 덧붙어 적용되므로(대부분 2021년부터) 핵심 조문은 1998년 문구 그대로 읽으면 됩니다.

실무에서 가장 의미 있는 다자협약 조항은 주요목적기준입니다. 조약 혜택을 받는 것이 거래·구조의 주요 목적 중 하나였다고 볼 만하면, 그 혜택이 조약 취지에 맞는다는 점이 입증되지 않는 한 혜택을 주지 않는다는 규정입니다.

근거: 한일 조세조약 제2조·제4조·제29조 및 서명 의정서, 財務省 「我が国の租税条約等の一覧」·「BEPS防止措置実施条約に関する資料」·「我が国と韓国との間の租税条約に対する本条約の適用関係の概要」(2026-10-27 확인)

한국 일본 조세조약의 고정사업장, 건설 6개월 초과·용역 조항 없음·계약체결 대리인

한국 본사가 일본에 자회사 없이 직접 일할 때 일본 안에 고정사업장(PE)이 없으면 사업이윤은 한국에서만 과세하고, 있으면 그 고정사업장에 귀속되는 이윤만 일본이 과세할 수 있습니다(제7조 제1항).

다자협약의 고정사업장 회피 방지 조항(위탁매매인 구조·특정활동 예외 제한)은 일본이 선택했지만 한국과의 조약에는 적용되지 않아, 종속대리인도 1998년 문구대로 "그 기업의 이름으로 계약체결권을 상시적으로 행사"하는지로 판단합니다.

한국 본사 직원이 일본에서 일할 때 고정사업장 점검 순서 (제5조)

근거: 한일 조세조약 제5조 제1항~제7항·제7조 제1항, 대한민국 정부와 싱가포르공화국 정부 간 소득에 대한 조세의 이중과세 방지 협정(2019) 제5조 제3항

한일 조세조약 제한세율, 배당 5%·15%와 이자·사용료 10%의 요건

일본 국내법 원천세율은 비상장 법인의 배당·대여금 이자·사용료 모두 20.42%(소득세와 부흥특별소득세, 2026년 지급분 기준)인데, 조약 세율이 이보다 낮으면 부흥특별소득세를 따로 얹지 않고 조약 세율로 끝납니다. 모든 세율은 받는 쪽이 그 소득의 수익적 소유자인 한국 거주자일 때 적용됩니다.

사용료에는 장비를 빌려주고 받는 대가도 포함되므로, 한국 본사가 일본 자회사에 장비를 임대하면 사업소득이 아니라 사용료 원천징수 대상이 될 수 있습니다.

기술용역 대가를 따로 정한 조문은 없어 노하우 제공(사용료)인지 용역 수행(사업소득)인지에 따라 갈리고, 사업소득이고 한국 본사가 일본에 고정사업장이 없다면 일본은 조약상 과세할 수 없습니다(제7조 제1항).

근거: 한일 조세조약 제2조·제7조 제1항·제10조 제2항·제11조 제2항·제3항·제12조 제2항·제3항

일본 조세조약 기타소득과 주식 양도, 25% 보유 그리고 5% 양도일 때만 일본 과세

놓치기 쉬운 것은 두 요건의 연결어입니다. 국문 본문은 가목과 나목을 나란히 적지만, 이 조약은 영어로 작성됐고 재무성 영문 통합본에는 가목 끝에 "and"가 있어 둘 다 갖춰야 합니다. 지분 30%인 창업자가 그해 3%만 팔면 나목을 충족하지 않으므로, 부동산 과다 법인이 아니라면 일본은 조약상 과세할 수 없습니다.

근거: 한일 조세조약 제13조 제2항·제3항·제4항·제6항·제22조 제1항, 財務省 日韓 統合条文(英文)

일본 조세조약 원천징수와 파견 직원, 역년 183일·급여 지급자·이사 보수

한국 직원의 일본 근무 급여는 원칙적으로 일본도 과세할 수 있고(제15조 제1항), 한국에서만 과세하는 단기체재 면제는 아래 세 요건을 모두 충족해야 합니다.

일본 국세청 届出書(조세조약 신고서) 안내는 단기체재자를 "연간 또는 계속하는 12개월 동안 183일" 등을 넘지 않는 사람으로 적는데, 조약마다 다르다는 뜻이고 한일 조약은 역년입니다. 원천징수되는 급여에 이 면제를 받으려면 입국 후 처음 급여를 받는 날의 전날까지 지급자를 거쳐 届出書를 내도록 안내되어 있습니다.

이사 보수(제16조)와 독립적 인적용역(제14조)

근로소득은 183일을 "초과"하지 않을 것, 독립적 인적용역은 183일 "이상" 체류로 경계 문구가 조금 다릅니다.

근거: 한일 조세조약 제14조·제15조·제16조, 国税庁 税務手続の案内 A3-1·A3-9 (租税条約に関する届出), タックスアンサー No.2884·No.2888

한일 조세조약 원천징수 다음 단계, 제23조 나라별 공제 방식과 상호합의 신청 3년

한국 본사가 일본 법인에 지급하는 쪽에서는 2026년 1월 1일 이후 제한세율 적용을 신청받은 분부터 원천징수의무자가 받은 신청서등을 지급일이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말일까지 관할 세무서장에게 내야 한다는 점이 새로 생겼습니다(법인세법 제98조의6 제4항).

제23조 제1항 나목이 "한국 세법에 따를 것을 조건으로" 붙어 있어, 일본 자회사 배당은 법인세법의 외국자회사 배당 익금불산입과 외국납부세액공제 배제(제18조의4, 제57조 제7항)로 처리됩니다. 조약에 맞지 않는 과세는 최초 통지일부터 3년 이내에 상호합의를 신청할 수 있고, 다자협약 제16조1 첫 문장이 적용되어 지금은 한국·일본 어느 쪽 권한 있는 당국에도 신청할 수 있습니다(제25조 제1항).

근거: 한일 조세조약 제23조·제25조 제1항, 법인세법 제18조의4·제57조·제98조의6 제4항 및 부칙(법률 제21217호) 제13조

일본 조세조약 제한세율 사례, 배당 1,000만 엔·로열티 2,000만 엔과 직원 갑·을·대표 병(가정 예시)

(가정 예시) 한국 A사는 2024년에 일본 B KK(12월 결산)를 지분 100%로 세웠고, 2026년에 B KK는 2025 사업연도 이익에서 배당 1,000만 엔과 A사 소프트웨어 사용 대가 로열티 2,000만 엔을 A사에 보냅니다. 직원 2명과 대표 1명이 일본 업무를 맡고, A사는 일본 고객사 공장의 설비 설치 공사도 맡았습니다. 환율과 한국 세액 계산은 생략합니다.

1,000만 엔 × 5% = 50만 엔, 2,000만 엔 × 10% = 200만 엔. 직원 갑 체류: 2026년 9월 15일~12월 31일 108일 + 2027년 1월 1일~5월 10일 130일 = 238일. 일본에서 뗀 배당 원천세와 로열티 원천세는 한국 법인세에서 달리 처리됩니다(배당은 익금불산입 대상이면 공제 배제, 로열티는 공제한도 안에서 공제).

직원 갑은 238일을 이어서 머물렀지만 한일 조약은 해마다 1월 1일부터 따로 세므로 2026년분과 2027년분 모두 183일 기준 안에 들어갑니다(연도 경계로 자르지 않는 기준이었다면 183일 초과). 설치 공사는 5개월로 끝났다면 고정사업장이 아니지만, 6개월을 초과해 존속하면 그 공사 현장 전체가 고정사업장이 되므로 일정을 바꿀 때 바로 점검해야 합니다.

정리해보면

한일 조세조약은 1998년 문구가 그대로 살아 있어 조문만 정확히 읽어도 많은 판단을 미리 할 수 있습니다. 다만 직원 파견 방식, 이사 겸직, 설치 공사 일정, 로열티와 용역의 구분처럼 계약 구조에 따라 결론이 바뀌는 부분이 많아 일본 진출 전에 전문가 검토를 받아 두시길 권합니다.

—조약 구조 — 현행 한일 조세조약은 1998년 10월 8일 서명·1999년 11월 22일 발효 협약이고, 서명 때의 의정서 외에 개정의정서는 없으며, 다자협약은 전문·주요목적기준·상호합의 신청·대응조정 4개 조항만 적용

—고정사업장 — 건설·설치 공사는 6월을 초과해야 고정사업장이고, 용역 기간만으로 고정사업장을 의제하는 조항은 없으며, 일본에서 본사 이름으로 계약을 상시 체결하는 사람이 있으면 고정사업장(제5조)

—제한세율 — 배당 5%(의결권 25% 이상·결산 직전 6월 보유 법인)·15%, 이자 10%, 사용료 10%이고, 사용료에는 소프트웨어와 장비 사용 대가가 포함

—주식 양도 — 일본 법인 주식 양도는 25% 이상 보유 그리고 그해 5% 이상 양도이거나 부동산 과다 법인일 때만 일본도 과세 가능(제13조)

—파견 직원·이사 — 단기체재 면제는 역년 183일 이하·일본 거주자 아닌 고용주 지급·일본 고정사업장 비부담 세 요건을 모두 충족해야 하고, 일본 법인 이사 보수는 체류 일수와 관계없이 일본이 과세 가능(제15조·제16조)

—절차·구제 — 한국 본사가 일본 법인에 지급하는 쪽은 2026년 1월 1일 이후 신청분부터 원천징수의무자가 신청서등을 다음 연도 2월 말일까지 세무서에 제출, 조약에 맞지 않는 과세는 최초 통지일부터 3년 안에 어느 나라 당국에든 상호합의 신청 가능

창의회계법인은 스타트업과 중소기업을 위한 회계감사·세무 자문·M&A·IPO·밸류업 전문 회계법인입니다. 일본 자회사 설립을 앞둔 한국 기업의 파견·지급 구조를 한일 조세조약과 한국 법인세법 기준으로 함께 검토해 드립니다.