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[일본 이전가격] 로컬파일 50억 엔·3억 엔 기준과 45일·60일 제시 기한, 일본 자회사 이전가격 보고서
- 작성자: 관리자
- 작성일: 2026.10.26
- 조회수: 108
[일본 이전가격] 로컬파일 50억 엔·3억 엔 기준과 45일·60일 제시 기한, 일본 자회사 이전가격 보고서
일본에 판매 법인(주식회사, KK)을 세우면 한국 본사에서 제품을 사 오고 상표·기술을 쓰는 대가로 로열티를 보내는 구조가 흔합니다. 일본 국세청은 이 거래 가격이 독립된 회사끼리 정했을 가격과 맞는지를 보고, 그 판단 자료가 이전가격 문서입니다. 일본은 "정해진 날까지 만들어 두고, 달라고 하면 정해진 날 안에 보여 주는" 구조라, 조사 때 못 보여 주면 세무서가 비슷한 회사 이익률로 가격을 추정해 과세할 수 있습니다. 일본 법령·국세청 자료와 한국 법령(2026년 10월 확인 기준)을 놓고 대상 판정·제시 기한·그룹 서류·한국 국조법 비교 순서로 정리했습니다.
일본 KK는 국외관련자별 전기 거래 합계 50억 엔 이상 또는 무형자산거래 3억 엔 이상이면 그 국외관련자와의 거래에 대해 확정신고서 제출기한까지 로컬파일을 작성·보존합니다(동시문서화). 조사 때는 요구일부터 45일(면제 거래와 산정에 중요한 서류는 60일)을 넘지 않는 범위에서 직원이 지정한 날까지 내야 하고, 못 내면 추정과세가 가능합니다. 한국 모회사는 같은 거래를 국조법 제16조에 따라 기한 안에 먼저 제출하는 방식이라 양쪽 설명을 맞춰 두어야 합니다.
일본 이전가격 문서화, 전기 거래 50억 엔 또는 무형자산 3억 엔 이상이면 신고기한까지 로컬파일
일본 KK가 국외관련자와의 거래에 대해 로컬파일을 확정신고서 제출기한까지 작성·보존해야 한다는 근거는 租税特別措置法 제66조의4 제6항이고, 대상인지는 그 국외관련자와의 전기 거래로 판단합니다(동시문서화). 국외관련자는 한쪽이 다른 쪽 주식을 직접·간접으로 50% 이상 가지는 관계 등에 있는 외국법인이라, 지분 전부를 가진 한국 모회사는 일본 KK의 국외관련자입니다. 제출기한은 법인세법 제74조에 따라 사업연도 종료일 다음 날부터 2개월이고, 정관 규정 등으로 연장 특례(제75조의2, 원칙 1개월)를 받으면 연장된 기한입니다.
로컬파일은 신고서와 함께 내지 않고 회사 안에 갖춰 두는 서류로, 신고기한 다음 날부터 7년(결손금이 생긴 사업연도분은 10년) 납세지 또는 일본 안의 사무소에 보존합니다. 이와 별개로 국외관련자와 거래한 사업연도에는 국외관련자의 명칭·거래종류별 대가 총액 등을 적은 명세서를 확정신고서에 첨부합니다(제66조의4 제25항).
근거: 租税特別措置法 제66조의4 제6항·제25항, 同 施行規則 제22조의10 제7항·제8항·제13항, 法人税法 제74조·제75조의2, 国税庁 「移転価格税制に係る文書化制度（FAQ）」(令和6年6月)
이전가격 보고서 대상 판정, 국외관련자별 전기 금액으로 보는 동시문서화 면제 기준
| 면제 요건 (제7항, 둘 다 충족해야 면제) | 계산 대상 | 대상이 되는 경우 |
|---|---|---|
| ① 거래 합계 50억 엔 미만 | 그 국외관련자에게서 받는 대가와 지급하는 대가의 합계 (무형자산거래 포함, 상계 전 총액) | 50억 엔 이상 |
| ② 무형자산거래 3억 엔 미만 | 무형자산의 양도·대여, 사용 허락과 이와 비슷한 거래의 받는 대가와 지급하는 대가 합계 | 3억 엔 이상 |
전기가 없는 첫 사업연도는 당기 거래로 판단하고, 전기에 그 국외관련자와 거래가 없었던 경우로 정령이 정하는 경우에도 면제됩니다.
판정에서 자주 틀리는 세 가지
| 구분 | 판정 방법 |
|---|---|
| 판정 단위 | 그룹 전체가 아니라 국외관련자 한 곳씩 따로 판단 — 한국 모회사와 거래가 크고 중국 자매회사와 거래가 작다면 한국 모회사 거래만 대상이 될 수 있음 |
| 상계·APA | 부품을 팔고 완제품을 사서 대금을 상계하더라도 상계 전 총액으로 판단, 사전확인(APA)을 받은 거래 금액도 포함(FAQ 문70·문72) |
| 무형자산거래 | 계정 이름이 아니라 실질로 판단 — 경영관리료나 그룹 내 용역 대가라도 무형자산의 사용 허락과 비슷한 거래라면 3억 엔 쪽 계산에 포함(FAQ 문71) |
로컬파일에 들어갈 내용 (시행규칙 제22조의10 제6항)
| 구분 | 항목 |
|---|---|
| 거래·기능 | 거래 자산·용역의 내용, 양쪽 회사가 수행하는 기능과 부담하는 위험, 사용한 무형자산, 계약서 |
| 가격·손익 | 대가 설정 방법과 교섭 내용, 손익 명세, 시장 분석 |
| 산정 방법 | 선택한 산정 방법과 그 이유, 비교대상거래 명세 등 |
| 형식 | 정해진 서식은 없고 국세청이 예시집 공개. 사용 언어는 정해져 있지 않지만 일본어가 아니면 번역문을 요청받을 수 있음 |
근거: 租税特別措置法 제66조의4 제7항, 同 施行規則 제22조의10 제6항, 国税庁 文書化制度 FAQ 문70·문71·문72
이전가격 과세 조사에서 45일·60일 제시 기한, 못 내면 추정과세와 동업자 질문검사
| 요구받는 서류 | 제시·제출 기한 | 기한까지 못 내면 |
|---|---|---|
| 동시문서화 대상 거래의 로컬파일 | 요구일부터 45일을 넘지 않는 범위에서 직원이 지정하는 날 | 추정과세 가능, 동업자 질문검사 가능 |
| 동시문서화 대상 거래의 산정에 중요한 서류(로컬파일 내용의 기초·관련 서류 등) | 요구일부터 60일을 넘지 않는 범위에서 지정하는 날 | 추정과세 가능, 동업자 질문검사 가능 |
| 동시문서화 면제 거래의 산정에 중요한 서류(로컬파일에 상당하는 서류 등) | 요구일부터 60일을 넘지 않는 범위에서 지정하는 날 | 추정과세 가능, 동업자 질문검사 가능 |
기한은 법에 정한 일수 그대로가 아니라, 요구한 날부터 45일 또는 60일을 넘지 않는 범위에서 조사 직원이 준비에 통상 걸리는 일수를 고려해 지정하는 날입니다. FAQ 문69는 동시문서화 의무가 있는 거래와 없는 거래 모두 요구받는 서류의 범위는 같다고 답합니다. 차이는 미리 만들어 둘 법적 의무와 45일·60일 기한입니다.
기한 안에 못 내면 세무서장은 같은 업종·비슷한 규모 회사의 매출총이익률 등을 기초로 계산한 금액을 독립기업간가격으로 추정해 경정할 수 있고, 조사 직원은 같은 사업을 하는 다른 회사에 질문하고 장부를 검사할 수 있습니다. 내용이 부정확해 제출로 보지 않는 경우도 기한까지 고치지 않으면 같은 결과가 될 수 있습니다(FAQ 문87). 국외관련자 거래의 경정은 법정신고기한 등부터 7년이 지나기 전까지 가능합니다.
근거: 租税特別措置法 제66조의4 제12항·제14항·제17항·제18항·제27항, 国税庁 文書化制度 FAQ 문69·문85·문87
국가별보고서 제출과 마스터파일, 그룹 연결 총수입 1,000억 엔 이상이면 일본 KK도 대상
| 서류 (특정다국적기업그룹) | 한국 모회사 그룹의 일본 KK | 기한·방법 |
|---|---|---|
| 최종모회사등 신고사항 (제66조의4의4 제5항) | 제출 대상 (일본 구성회사가 여럿이면 대표 1개사 가능) | 최종모회계연도 종료일까지, e-Tax |
| 사업개황보고사항 = 마스터파일 (제66조의4의5) | 제출 대상 — 모회사 소재국과 조약 여부에 관계없이 (대표 1개사 가능), 영어 작성도 가능 | 최종모회계연도 종료일 다음 날부터 1년 이내, e-Tax |
| 국별보고사항 = 국가별보고서 (제66조의4의4 제1항·제2항) | 원칙은 최종모회사가 자국에 제출. 모회사 소재국이 일본에 정보를 제공할 수 없다고 인정되는 경우에만 일본 KK가 제출 | 최종모회계연도 종료일 다음 날부터 1년 이내, e-Tax |
| 참고: 최근 변화 | 글로벌 최저한세(令和5年度 세제개정의 IIR, 令和7年度 개정의 UTPR·QDMTT)는 별도의 정보신고 체계라 이전가격 문서와 따로 챙겨야 함 | OECD에서 합의된 판매회사 간소화 방식(이른바 Amount B)은 국세청 2025년 6월 FAQ에서 일본은 당분간 시행하지 않는다고 밝힘 |
기준은 직전 최종모회계연도의 그룹 연결 총수입금액 1,000억 엔 이상이고, BEPS 권고의 7.5억 유로를 바탕으로 정해 환율이 바뀌어도 영향을 받지 않습니다(FAQ 문6). 한국은 국가별보고서 자동 정보교환 대상국 목록(2026년 5월 1일 현재)에 별도 표시 없이 올라 있어, 국가별보고서는 최종모회사 쪽 처리가 원칙이고(한국 제출 여부는 한국 법령 기준) 일본 KK는 위 예외일 때만 냅니다. 마스터파일과 최종모회사등 신고사항은 조약·정보교환 여부와 관계없이 일본 KK 쪽 의무로 남습니다.
정당한 이유 없이 국가별보고서나 마스터파일을 기한까지 내지 않으면 30만 엔 이하 벌금이 법인 대표자 등 위반 행위자와 법인 모두에게 적용됩니다. 과태료가 아니라 형벌이고, 사정에 따라 형을 면제할 수 있다는 단서가 있습니다.
근거: 租税特別措置法 제66조의4의4 제1항·제2항·제5항·제7항·제8항, 제66조의4의5 제3항·제4항, 国税庁 文書化制度 FAQ 문6, 国税庁 「日本との間における国別報告書の自動的情報交換の実施対象国・地域」(令和8年5月1日現在), 簡素化・合理化アプローチ FAQ(令和7年6月), グローバル・ミニマム課税関係(令和5年度 IIR, 令和7年度 UTPR·QDMTT)
이전가격세제 서류를 같은 기준으로, 일본 로컬파일과 한국 국조법 제16조 비교
한국은 국외특수관계인과 거래한 납세의무자가 국제조세조정에 관한 법률 제16조에 따라 서류를 기한 안에 먼저 제출하는 방식입니다.
| 같은 기준으로 비교 (2026년 10월 확인) | 일본 KK (租税特別措置法) | 한국 모회사 (국조법) |
|---|---|---|
| 거래 단위 서류 | 로컬파일 — 국외관련자별 전기 거래 50억 엔 이상 또는 무형자산거래 3억 엔 이상이면 확정신고기한까지 작성·보존(제출은 요구 시) | 국제거래명세서 — 국외특수관계인과 거래한 납세의무자 (재화 5억 원·용역 1억 원·무형자산 1억 원 이하 모두 충족 시 면제, 시행령 제36조) |
| 그룹 단위 서류 | 마스터파일·국가별보고서: 그룹 연결 총수입금액 1,000억 엔 이상 | 통합·개별기업보고서: 매출 1천억 원 초과 그리고 거래규모 500억 원 초과 |
| 기한 | 로컬파일 확정신고기한(원칙 사업연도 종료 다음 날부터 2개월) / 마스터파일·국가별보고서 최종모회계연도 종료 다음 날부터 1년 | 국제거래명세서 등: 사업연도 종료 달 말일부터 6개월 / 통합·개별·국가별보고서: 12개월 |
| 과세당국 요구 시 | 로컬파일 45일, 산정에 중요한 서류·면제 거래 서류 60일 범위에서 지정일 | 요구받은 날부터 60일 (부득이한 사유면 60일 범위에서 한 차례 연장) |
| 미준수 결과 | 추정과세·동업자 질문검사 가능 / 마스터파일·국가별보고서를 정당한 이유 없이 기한까지 안 내면 30만 엔 이하 벌금 | 국제거래정보통합보고서·국제거래명세서 미제출·거짓 제출(제16조④ 요구 자료 미제출 포함) 시 1억 원 이하 과태료, 30일 이행 요구 불응 시 2억 원 이하 추가 / 통합·개별기업보고서 의무자 등이 자료를 내지 않으면 정상가격 추정 가능(제16조⑦) |
근거: 국제조세조정에 관한 법률 제16조·제87조, 같은 법 시행령 제34조·제36조 (국가법령정보센터, 2026-10-26 조회), 租税特別措置法 제66조의4·제66조의4의4·제66조의4의5
일본 이전가격 사례, 제품 40억 엔·로열티 4억 엔을 지급하는 일본 KK(가정 예시)
(가정 예시) 한국 A사(12월 결산, 매출 800억 원)가 지분 100%를 가진 일본 B KK(12월 결산)는 2025 사업연도에 A사로부터 제품 40억 엔어치를 사고 상표·기술 사용 대가로 로열티 4억 엔을 지급했습니다. 2026 사업연도에도 비슷한 거래가 이어지고 A사 그룹의 연결 총수입금액은 1,000억 엔 미만이라고 가정합니다.
| 판정 항목 (가정 예시, 단위 억 엔) | 2025 사업연도(전기) A사 거래 | 2026 사업연도 결과 |
|---|---|---|
| ① 거래 합계 50억 엔 미만인가 | 제품 40 + 로열티 4 = 44 | 미만 → 이 요건은 충족 |
| ② 무형자산거래 3억 엔 미만인가 | 로열티 4 | 3억 엔 이상 → 요건 불충족 |
| 동시문서화 | ①과 ② 중 ②를 못 갖춤 | 대상 — 2027년 2월 28일(연장 특례 시 3월 31일)까지 로컬파일 |
| 변형 1: 로열티 2.5 | 합계 42.5, 무형자산 2.5 | 둘 다 미만 → 면제, 요구 시 60일 범위 지정일까지 서류 제출 |
| 변형 2: 제품 48 + 로열티 2.5 | 합계 50.5 (무형자산거래 포함) | 50억 엔 이상 → 대상 |
44 = 40 + 4, 42.5 = 40 + 2.5, 50.5 = 48 + 2.5. 판정은 전기(2025 사업연도) 금액으로 2026 사업연도 의무를 정합니다. 근거: 租税特別措置法 제66조의4 제6항·제7항, 法人税法 제74조·제75조의2
기본 사례는 합계 44억 엔이라 50억 엔 기준에는 걸리지 않지만, 로열티 4억 엔이 무형자산 기준을 넘어 2026 사업연도 A사 거래 전체에 대해 로컬파일을 만들어야 합니다. 2026년 12월 31일 결산이면 2027년 2월 28일(1개월 연장 특례 시 3월 31일)까지 작성하고 2027년 3월 1일부터 7년 보존합니다(신고기한이 연장되면 보존 기산일도 늦어집니다).
한국 A사는 같은 거래를 국제거래명세서로 2027년 6월 30일까지 따로 내야 하고, 이 가정에서는 B KK의 마스터파일·최종모회사등 신고사항은 없습니다.
이전가격 정책 점검, 일본 KK와 한국 모회사의 연간 문서화 일정
두 나라 서류는 같은 거래를 양쪽에서 설명하므로, 일본 쪽에서 B KK를 위험이 낮은 판매회사로 적었다면 한국 쪽 정상가격 산출방법 신고와 그룹 이전가격 정책도 같은 기능 설명이어야 조사 때 앞뒤가 맞습니다.
| 단계 | 일본 KK·한국 모회사 연간 문서화 일정 |
|---|---|
| STEP 1 | 결산 직후: 국외관련자별 전기 거래 합계(상계 전)와 무형자산거래 합계를 뽑아 50억 엔·3억 엔 기준 확인 |
| STEP 2 | 결산 전(그룹 기준): 직전 회계연도 연결 총수입금액이 1,000억 엔 이상이면 최종모회계연도 종료일까지 최종모회사등 신고사항 제출 |
| STEP 3 | 확정신고기한까지: 동시문서화 대상 거래의 로컬파일 완성, 일본 안에 보존 (면제 거래도 계약서·산정 근거 정리) |
| STEP 4 | 사업연도 종료 달 말일부터 6개월: 한국 모회사 국제거래명세서 등 제출 (12월 결산이면 6월 30일) |
| STEP 5 | 최종모회계연도 종료 다음 날부터 1년: 대상 그룹이면 일본 KK 마스터파일 제출, 국가별보고서는 원칙적으로 최종모회사 쪽에서 처리(일본 KK는 예외 해당 시만) |
정리해보면
일본 로컬파일은 올해 대상인지가 전년 거래 금액으로 정해지고, 로열티·경영관리료가 무형자산거래인지에 따라 결론이 바뀝니다. 면제 거래도 조사 때 60일 안에 근거를 내야 하므로 본사와 자회사의 가격 정책·계약서를 함께 정비해 두는 것이 비용을 줄이는 길입니다.
—동시문서화 대상 — 국외관련자별 전기 거래 합계 50억 엔 이상 또는 무형자산거래 3억 엔 이상이면 그 국외관련자와의 거래에 대해 확정신고서 제출기한까지 로컬파일 작성·보존(租税特別措置法 제66조의4 제6항·제7항)
—면제 판정 — 50억 엔 미만 그리고 3억 엔 미만을 모두 갖춰야 면제, 합계는 상계 전 총액이며 무형자산거래도 포함
—제시 기한 — 로컬파일은 요구일부터 45일, 산정에 중요한 서류와 면제 거래의 서류는 60일을 넘지 않는 범위에서 직원이 지정한 날까지. 못 내면 추정과세와 동업자 질문검사 가능
—보존 — 로컬파일은 신고기한 다음 날부터 7년(결손 연도 10년) 일본 안에 보존
—그룹 서류 — 그룹 연결 총수입금액 1,000억 엔 이상이면 일본 KK도 마스터파일(1년 이내)과 최종모회사등 신고사항(회계연도 종료일까지) 제출. 마스터파일·국가별보고서를 정당한 이유 없이 기한까지 내지 않으면 30만 엔 이하 벌금(최종모회사등 신고사항에는 벌금 규정 없음)
—한국 모회사 — 같은 거래를 국조법 제16조 서류로 신고하는데, 요구받을 때 보여 주는 일본과 달리 기한 안에 먼저 내는 방식이므로 양쪽 기능·금액 설명을 맞춰 두어야 함
올해 로컬파일 대상인지부터 전년 금액으로 확인해 보세요.
창의회계법인은 스타트업과 중소기업을 위한 회계감사·세무 자문·M&A·IPO·밸류업 전문 회계법인입니다. 일본 자회사를 둔 한국 모회사의 국제거래명세서 준비와 일본 로컬파일 대상 판정·문서 정비 일정을 함께 점검해 드립니다.
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