일본주식 양도소득세 — 일본 법인 주식 매각, 한국 거주 창업자의 해외주식 양도소득세율과 일본 과세 요건

일본에 세운 株式会社(주식회사)가 자리를 잡으면 현지 기업이나 투자자가 지분을 사겠다고 나서는 순간이 옵니다. 이때 창업자가 가장 먼저 묻는 것은 "일본 회사 주식이니 일본에 세금을 내야 하나요, 한국에 내야 하나요?"입니다. 답은 창업자가 어느 나라 거주자인지, 일본 법인 지분을 얼마나 갖고 있다가 얼마나 파는지에 따라 달라집니다. 2026년 10월 확인 기준 일본 국세청 자료와 일본 법령, 한일 조세조약, 한국 소득세법 현행 조문으로 한국에 사는 창업자가 일본 법인 주식을 제3자에게 팔 때의 세금을 정리했습니다.

양도일까지 계속 5년 이상 한국에 주소나 거소를 둔 거주 창업자가 일본 법인 비상장주식을 팔면 한국에서 해외주식 양도소득세(그 밖의 주식 20%, 중소기업 주식 10%)와 지방소득세를 내고, 기본공제 연 250만 원 후 다음 해 5월에 확정신고합니다. 일본은 특수관계 주주 합산 지분 25% 이상 보유자가 5% 이상을 파는 경우나 부동산관련법인 주식 등 요건에 해당할 때만 15.315%를 과세하고, 그때 낸 일본 세금은 한국에서 외국납부세액공제(소득세법 제118조의6 준용)로 뺍니다.

일본주식 양도소득세 핵심 답, 한국 신고가 기본이고 일본 과세는 요건이 있을 때만

일본 거주자가 비상장주식(일본 세법상 일반주식등)을 팔면 신고분리과세로 소득세 15%·주민세 5%에 기준소득세액의 2.1%인 부흥특별소득세가 붙어 합계 20.315%(15% + 0.315% + 5%)입니다. 2026년 10월 확인 기준이며, 2027년분(令和9年分)부터 부흥특별소득세·방위특별소득세로 구성이 바뀌므로 2027년 이후 매각이면 그 시점 세율을 다시 확인하세요.

한국에 사는 창업자는 일본 비거주자로, 所得税法 제161조 제1항 제3호와 시행령 제281조가 정한 경우만 일본 국내원천소득이 됩니다. 사업양도류사·부동산관련법인 주식 양도에 해당하면 일본 고정사업장이 없는 비거주자는 租税特別措置法 제37조의12에 따라 소득세 15%와 부흥특별소득세(합계 15.315%)를 냅니다.

일본 비상장주식(상장되지 않은 株式会社 주식) 기준. 근거: 일본 국세청 Tax Answer No.1463·No.2884, 所得税法 제161조, 所得税法施行令 제281조, 租税特別措置法 제37조의12, 地方税法 제294조, 소득세법 제94조·제103조·제104조·제105조·제110조·제118조·제118조의6, 지방세법 제103조의3

일본 비거주자에게 주민세 5%가 없는 것은 地方税法 제294조가 소득할 납세의무자를 시정촌 안에 주소가 있는 개인으로 정하기 때문입니다.

한국 중소기업 주식 10%는 「중소기업기본법」 제2조의 중소기업 주식에 적용되는데(소득세법 시행령 제157조의2), 외국에서 설립된 일본 법인이 여기에 해당할 수 있는지는 해석이 필요해 이 글은 그 밖의 주식 20%로 계산합니다.

일본주식 양도소득세 비거주자 과세 기준, 사업양도류사 25%·5%와 부동산관련법인 주식

첫째, 사업양도류사 주식 양도입니다. 양도한 해 이전 3년 안의 어느 때든 본인과 특수관계 주주가 합쳐 발행주식의 25% 이상을 가진 적이 있고, 양도한 해에 이들이 발행주식의 5% 이상을 양도하면 해당됩니다. 지분 대부분을 가진 창업자의 엑시트라면 대체로 이 요건에 걸립니다.

둘째, 부동산관련법인 주식 양도입니다. 양도일 전 365일 안에 법인 자산 가운데 일본 토지·건물 등의 비율이 50% 이상이었던 법인의 주식이 대상이며(비상장주식은 전년 12월 31일 현재 특수관계 주주 지분 2% 초과 등 요건), 일반적인 IT·서비스 스타트업은 해당하는 경우가 드뭅니다.

근거: 所得税法 제161조 제1항 제3호, 所得税法施行令 제281조, 한일 조세조약 제13조(일본 재무성 MLI 합성본 문구 동일)

한일 조세조약 제13조도 특수관계인 합산 25% 이상 보유·그 과세연도 5% 이상 양도와 부동산 위주 법인 주식만 일본 과세를 허용하고, 그 밖의 주식은 거주지국인 한국만 과세합니다. 국내법은 양도한 해 이전 3년, 조약은 양도한 과세연도를 기준으로 하므로 연도별 지분 이력을 정리해 두세요.

해외주식 양도소득세 신고 기준, 제94조 국외주식·기본공제 250만 원·다음 해 5월 확정신고

소득세법 제94조 제1항 제3호 다목은 외국법인 발행 주식등을 양도소득 과세 대상으로 정하고(국내 증권시장 상장분 등 제외, 시행령 제157조의3), 일본 비상장주식은 여기에 해당합니다. 다만 제118조 제2항이 국외자산 규정(제118조의2)을 준용하므로 양도일까지 계속 5년 이상 국내에 주소나 거소를 둔 거주자가 과세 대상입니다. 일본에서 지내다 귀국한 지 5년이 안 됐다면 매각 전에 따로 검토하세요.

기본공제는 주식등 양도소득에서 연 250만 원(제103조 제1항 제2호)이며 같은 해 국내 주식 양도소득과 함께 씁니다. 제105조 제1항이 이 자산을 예정신고 대상에서 빼므로 양도한 해의 다음 해 5월 1일부터 5월 31일까지 확정신고(제110조)로 신고·납부합니다.

근거: 소득세법 제94조 제1항 제3호 다목·제103조 제1항 제2호·제105조 제1항·제110조·제118조 제2항(제118조의2 준용), 같은 법 시행령 제157조의3

해외주식 양도소득세 외국납부세액공제와 지방세, 일본에 낸 세금을 빼는 한도

소득세법 제118조 제2항은 이 자산의 양도소득세 계산에 제118조의6을 준용하고, 제118조의6은 외국에서 낸 양도소득세액을 세액공제하거나 필요경비에 산입하는 방법 가운데 하나를 고르게 합니다. 세액공제 한도는 국외자산 양도소득 산출세액 × 해당 국외자산 양도소득금액 ÷ 국외자산 양도소득금액입니다.

공제 대상은 개인의 양도소득금액을 과세표준으로 외국정부(지방자치단체 포함)가 과세한 세액과 그 부가세액이고(시행령 제178조의7), 아래 예시는 부흥특별소득세도 이 부가세액에 포함된다고 보고 계산했습니다. 실제 신고 때는 소득세와 부흥특별소득세를 나눠 증빙을 갖춰 두세요. 지방소득세는 양도소득세의 10%(지방세법 제103조의3①12호, 1%·2%)로 따로 계산합니다.

해외주식 양도소득세 계산 예시, 일본 법인 지분 매각 차익 5,000만 엔 (가정 예시)

창업자 A(양도일까지 5년 넘게 한국 거주, 일본 고정사업장 없음)가 비상장주식 양도차익 5,000만 엔을 얻었다고 가정합니다. 100엔 = 900원, 그 밖의 주식 20%, 같은 해 다른 주식 양도 없음, 지방소득세의 일본 세금 조정 제외, 일본 소득세·부흥특별소득세 모두 공제 대상으로 봅니다. 경우 1은 A 지분 20%(특수관계 주주와 합쳐도 25% 미만)로 일본 과세 요건에 해당하지 않고, 경우 2는 지분 40%를 전부 팝니다.

세율 구조만 비교하기 위한 가정 숫자입니다. 참고로 A가 일본으로 이주해 일본 거주자가 된 뒤 판다면 일본에서 20.315%(소득세 750만 엔, 부흥특별소득세 15만 7,500엔, 주민세 250만 엔, 합계 1,015만 7,500엔)를 내고, 한국 과세 여부는 한국 거주자 판정과 조약상 거주자 판정에 따라 따로 검토해야 합니다. 근거: 租税特別措置法 제37조의12, 소득세법 제103조·제104조·제118조의6, 같은 법 시행령 제178조의7, 지방세법 제103조의3

이 가정에서는 두 경우의 합계가 같고 어느 나라에 얼마를 내느냐만 달라집니다. 일본 세율(15.315%)이 한국 세율(20%)보다 낮아 일본 세금이 공제 한도 안에 다 들어가기 때문입니다. 보수적으로 일본 소득세 750만 엔(6,750만 원)만 공제된다고 보면 경우 2의 한국 납부액은 2,200만 원, 합계는 9,986만 7,500원으로 늘어납니다.

정리해보면

일본 법인 지분 매각은 계약 조건만큼 세금 신고 순서가 중요합니다. 지분율과 매각 비율에 따라 일본 과세 여부가 갈리고, 한국 신고는 일본 과세 여부와 관계없이 필요하니 매각 협상 단계부터 세금을 함께 계산해 두세요.

—지분 이력 정리 — 양도한 해 이전 3년 동안 본인과 특수관계 주주의 합산 지분이 25% 이상이었던 때가 있는지, 그해 양도 비율이 5% 이상인지 연도별로 확인

—부동산 비율 확인 — 일본 법인 자산 가운데 일본 토지·건물 비율이 50% 이상인 시기가 양도 전 365일 안에 있었는지 확인

—거주자 지위 확인 — 매각 시점에 한국 거주자인지, 양도일까지 계속 5년 이상 한국에 주소나 거소를 두었는지, 일본에 고정사업장이 있는지에 따라 일본·한국 과세가 달라짐

—증빙 확보 — 엔화 매매계약서, 취득 당시 납입·매입 증빙, 일본 신고서와 납부 영수증을 한국 외국납부세액공제용으로 보관

—신고 일정 정리 — 일본 신고·납부와 한국 다음 해 5월 확정신고(예정신고 없음) 일정을 함께 관리

창의회계법인은 스타트업과 중소기업을 위한 회계감사·세무 자문·M&A·IPO·밸류업 전문 회계법인입니다. 일본 법인 지분을 매각하는 창업자의 일본 비거주자 과세 요건, 한국 해외주식 양도소득세, 외국납부세액공제를 한 번에 맞춰 양도소득세 계산과 신고를 함께 점검해 드립니다.