[늘봄학교 프로그램] 교육용역 면세 요건과 늘봄학교 강사료·계산서 (사전-2026-법규부가-0616)

에듀테크 스타트업이 교육청과 협약을 맺고 초등학교에서 늘봄학교 프로그램을 운영할 때, 사업비에 부가가치세 10%를 붙여 세금계산서를 끊을지 면세로 계산서를 발행할지가 첫 고민입니다. 국세청이 2026년 9월 공개한 사전답변을 바탕으로 면세 요건, 사업 유형별 과세·면세, 강사료 원천징수, 겸영 계산까지 정리했습니다.

교육청 협약에 따라 인가받은 학교 안에서 늘봄학교 교육용역을 제공하고 교육청에서 대가를 받으면 부가가치세가 면제됩니다(사전-2026-법규부가-0616, 부가가치세법 제26조 제1항 제6호, 시행령 제36조 제1항 제1호). 수업에 부수되는 교재·실습재료는 면세에 포함되지만 교구만 판매하거나 플랫폼 이용권을 파는 매출은 과세로 따로 검토합니다. 면세 용역은 전자계산서를 발급하고, 프리랜서 강사료는 사업소득 3%(지방소득세 포함 3.3%)를 원천징수합니다.

교육청 협약 늘봄학교 프로그램 위탁 운영은 부가세 면세입니다

늘봄학교는 정규수업 전후로 교육과 돌봄을 함께 제공하는 학교 지원체제입니다. 세무에서 중요한 것은 이름보다 누가, 어디서, 누구에게, 무엇을 제공하느냐입니다. 사업자가 교육청과의 협약에 따라 정부의 허가·인가를 받은 학교 안에서 늘봄학교 교육용역을 제공하고 교육청에서 대가를 받으면 부가가치세가 면제됩니다(부가가치세법 제26조 제1항 제6호, 시행령 제36조 제1항 제1호).

사전답변은 디지털·인공지능 교육 법인이 광역시교육청과 2026학년도 늘봄학교 기관연계 프로그램 협약을 맺은 사안으로, 협약기간은 2026년 3월부터 2027년 2월까지입니다. 법인은 운영계획 수립·학생 안전관리·강사 선정을 맡고, 교육청은 사업비를 지급합니다.

회신은 이유를 따로 적지 않았지만 결론 문장이 "정부의 허가 또는 인가를 받은 학교 내에서"를 명시한 점에 비추어 교육 장소가 인가받은 학교라는 점이 판단의 축으로 읽힙니다. 장소가 학교가 아니라면 같은 결론을 그대로 가져오기 어렵습니다.

교육용역 면세 요건, 시행령 제36조가 보는 시설·대상·내용

시행령 제36조 제1항은 면세 교육용역을 정해진 시설에서 학생·수강생 등에게 지식, 기술 등을 가르치는 것으로 정합니다. 시설에는 인가·등록된 학교·학원·교습소 등(제1호), 청소년수련시설, 산학협력단 등이 있고, 무도학원과 자동차운전학원은 제외됩니다(같은 조 제2항).

조문 구조상 시설 요건이 먼저이므로 어디서 가르치는지부터 확인합니다. 가르치는 내용은 묻지 않아 코딩·AI·체육·미술 모두 해당될 수 있습니다(기본통칙 26-36-1).

근거: 부가가치세법 제26조 제1항 제6호 · 시행령 제36조 제1항·제2항 · 부가가치세법 기본통칙 26-36-1

사업 유형별 과세·면세, 교구 판매·플랫폼 이용료는 따로

교육용역에 통상적으로 부수되는 재화·용역은 면세 교육용역에 포함됩니다(부가가치세법 제26조 제2항). 교재·실습자재·교육용구의 대가는 수강료에 포함하든 별도로 받든 부수 재화로 면세됩니다.

반대로 학교에 로봇 키트를 판매만 하거나 학습 플랫폼 이용권을 파는 것은 "가르치는 용역"이 아니라 재화·소프트웨어 공급에 가깝습니다. 원칙대로 과세로 보고 검토하는 편이 안전하며, 계약 구조에 따라 판단이 갈릴 수 있어 거래별 확인이 필요합니다.

근거: 사전-2026-법규부가-0616 · 부가가치세법 제26조 제1항 제6호·제8호, 제2항 · 부가가치세법 기본통칙 26-36-1

늘봄학교 강사료 원천징수, 프리랜서 강사의 인적용역 면세와 3.3%

스타트업이 늘봄학교 강사를 프리랜서로 위촉하는 경우, 고용관계 없는 사람이 다수인에게 강연하고 강사료를 받는 용역은 강사 쪽에서도 부가가치세가 면제되는 인적용역입니다(부가가치세법 제26조 제1항 제15호, 시행령 제42조 제1호 차목).

강사료는 사업소득으로 3%를 원천징수하고(소득세법 제129조 제1항 제3호) 지방소득세 0.3%를 더해 3.3%를 떼어 원칙적으로 다음 달 10일까지 납부하며(제128조, 반기별 납부 승인 사업자는 예외) 지급명세서를 제출합니다. 다만 출퇴근 시간·업무 지시·보수 방식이 사실상 근로자와 같다면 근로소득으로 봐야 할 수 있으므로 계약 형태를 먼저 정리해 두는 것이 좋습니다.

계산서 발행과 겸영 신고, 사업비 5,000만 원 가정 예시

면세 용역을 공급한 법인은 세금계산서가 아니라 전자계산서를 발급합니다(법인세법 제121조 제1항). 발급명세를 전송하면 계산서합계표 제출은 생략됩니다(같은 조 제5항 제2호). 늘봄 사업(면세)과 플랫폼·교구 판매(과세)를 함께 하는 겸영사업자는 공통매입세액을 면세공급가액 비율로 안분하고(제40조, 시행령 제81조 제1항), 면세 사업 매입세액은 공제되지 않습니다(제39조 제1항 제7호).

가정 예시로 C사가 늘봄 사업비 5,000만 원(면세)과 온라인 코딩 구독 매출 5,000만 원(과세)을 올렸고, 늘봄 전용 매입세액 100만 원, 구독 전용 60만 원, 공통 콘텐츠 외주 200만 원이 있다고 합니다.

근거: 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 · 제40조 · 시행령 제81조 제1항 · 법인세법 제21조 제1호

불공제 매입세액 200만 원은 비용·원가에 더해져 영업이익을 줄이지만, 법인세법 제21조 제1호 괄호에 따라 손금으로 인정되어 법인세(지방소득세 포함 11%) 22만 원이 줄고 실질 부담은 178만 원입니다.

늘봄 사업비를 과세로 잘못 처리하면 정해진 사업비 안에서 매출세액 약 455만 원(5,000만 × 10/110)을 떼어 내야 합니다. 불공제였던 200만 원을 공제받아도 순부가세 부담은 약 255만 원 늘고, 법인세 효과를 반영해도 약 227만 원 손해입니다. 이미 그렇게 처리했다면 증빙을 바로잡고 경정청구를 검토합니다.

정리해보면

교육청 협약에 따라 인가받은 학교 안에서 제공하는 늘봄학교 교육용역은 부가가치세 면세이고 전자계산서를 발급합니다. 면세 여부는 시설·대상·내용 세 가지로 보며, 교구·플랫폼 단독 판매는 과세로 따로 검토합니다. 프리랜서 강사료는 3.3%를 원천징수하고, 겸영이라면 공통매입세액을 안분합니다. 사전답변은 신청 법인의 사실관계에 대한 답이므로 협약서 초안 단계에서 과세·면세 구분을 먼저 맞춰 두세요.

—장소 확인 — 교육이 인가받은 학교 안에서 이루어지는지, 자체 공간이라면 시행령 제36조 시설에 해당하는지 확인

—계약 범위 확인 — 협약서에 강의·운영만 있는지, 교구 판매·플랫폼 이용료가 별도 대가로 들어 있는지 구분

—증빙 정하기 — 면세 교육용역은 전자계산서, 과세 매출은 전자세금계산서로 구분 발급

—강사 계약 — 사업소득 3%(지방소득세 포함 3.3%) 원천징수와 지급명세서 제출, 근로자성 여부 점검

—겸영 관리 — 공통 매입은 계정·프로젝트 코드로 따로 모아 과세기간마다 면세공급가액 비율로 안분

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