중소기업기본법 개정으로 마을기업·자활기업·의료법인 포함, 지원시책과 세법상 중소기업 판정 차이는?

마을기업·자활기업·의료법인이 중소기업자 범위에 들어옵니다. 다만 지원시책의 문이 열리는 것과 법인세 감면을 받는 것은 서로 다른 조문의 문제입니다.

중소기업기본법 개정으로 마을기업·자활기업·의료법인이 중소기업자 범위에 들어오지만, 세법상 중소기업은 조세특례제한법 제6조 제1항의 위임을 받은 같은 법 시행령 제2조로 다시 판정합니다. 두 기준은 별표 1 규모 기준과 자산총액 5천억 원, 30% 독립성 요건을 공유하되 세법에는 부동산 임대업·소비성서비스업 배제가 더 붙고, 졸업 유예도 중기법 5년 대 조특법 5개 과세연도(상장기업 7개)로 갈립니다.

중소기업자 범위 확대 — 마을기업·자활기업·의료법인이 빠져 있던 이유

2026년 9월 22일 국무회의에서 「중소기업기본법」 일부개정법률 공포안이 의결됐습니다. 그동안 지원시책 대상에서 빠져 있던 마을기업, 자활기업, 의료법인을 일정 요건을 충족하면 중소기업자로 인정할 수 있게 하는 내용입니다.

현행 중소기업기본법 제2조 제1항은 중소기업자를 제1호 영리기업, 제2호 사회적기업, 제3호 협동조합, 제4호 소비자생활협동조합, 제5호 중소기업협동조합 다섯 갈래로 열거합니다. 영리기업만 대상으로 하는 법이 아니었는데도 같은 성격의 사회연대경제기업인 마을기업과 자활기업은 이 열거에 없었습니다.

중소벤처기업부는 개인 병·의원과 생협·사회적협동조합이 세운 의료기관은 인정받는 반면 의료법인은 비영리법인이라는 이유로 제외돼 왔다고 지적했습니다. 개정으로 이 세 주체도 정책자금·기술개발·판로지원 등 지원시책을 활용할 수 있게 됩니다.

지원시책 기준과 세법 기준이 갈리는 지점

가장 많이 나오는 질문은 “그러면 법인세 감면도 받을 수 있나요”입니다. 자동으로 연결되지 않습니다. 지원시책 대상을 정하는 기준과 세법의 중소기업 기준이 서로 다른 조문에 적혀 있기 때문입니다.

중소기업기본법 쪽은 시행령 제3조 제1항입니다. 주된 업종의 평균매출액등이 별표 1 기준에 맞고, 자산총액이 5천억 원 미만이며, 자산총액 5천억 원 이상 법인이 주식등의 100분의 30 이상을 소유한 최다출자자가 아니어야(나목) 하며, 관계기업이면 합산액으로 다시 봐야(다목) 합니다. 공시대상기업집단 소속회사는 본문 단서로 제외됩니다.

세법 쪽은 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항입니다. 별표 1 규모 기준과 중기령의 독립성 요건을 끌어다 쓰면서도, 부동산 임대업·소비성서비스업을 주된 사업으로 하면 배제하는 세법 고유의 요건을 둡니다. 반면 제2~5호의 사회적기업·협동조합 열거는 그대로 받지 않습니다.

두 기준이 갈리는 근거는 조세특례제한법 제6조 제1항이 “대통령령으로 정하는 중소기업”이라 하여 범위를 자기 시행령에 위임한 데 있습니다. 중소기업기본법 제2조 제4항은 개별 법률이 중소기업자를 더 넓힐 수 있다는 확장 규정이니 섞어 읽지 않아야 합니다.

근거: 중소기업기본법 제2조 제1항·제3항 · 같은 법 시행령 제3조 제1항 · 조세특례제한법 제6조 제1항 · 같은 법 시행령 제2조 제1항·제2항, 제29조 제3항 · 같은 법 시행규칙 제17조

졸업 유예기간 — 5년과 5개 과세연도, 상장기업은 7개

아래 숫자는 설명을 위해 만든 가정 예시이며 특정 기업의 사례가 아닙니다. 스타트업 E가 2027년에 매출이 늘어 업종별 규모 기준을 처음 초과했고, 두 법의 사유 발생 연도가 같다고 가정하겠습니다.

상장 여부에서 2년이 갈린다

중소기업기본법 제2조 제3항은 사유 발생 연도의 다음 연도부터 5년이므로 2028년부터 2032년까지입니다. 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항은 사유 발생 과세연도와 그 다음 5개 과세연도이므로 2027년부터 2032년까지입니다. 다만 최초 사유 발생일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일 현재 유가증권시장이나 코스닥시장에 상장돼 있으면 7개 과세연도로 늘어 2034년까지, 세법상 유예가 2년 더 깁니다.

유예가 아예 없는 경우와, 있는 경우

같은 항 단서는 중소기업 외의 기업과 합병, 유예기간 중인 기업과 합병, 공시대상기업집단 편입이나 독립성 나목 해당, 창업 후 2년 이내 기준 초과를 유예에서 뺍니다. 반대로 관계기업 합산매출 초과(다목)는 배제사유가 아니라 유예 대상이어서, 벤처캐피탈과 관계기업으로 묶인 스타트업에게는 이 구분이 결정적입니다.

숫자로 본 차이 — 지원은 되고 감면은 끊기는 구간

상장한 E의 2033년 과세표준이 30억 원이고 중소기업 세액공제·감면 효과가 과세표준의 2%라면 6,000만 원입니다. 중기법 기준으로만 보고 2033년에 중소기업에서 빠졌다고 정리했다면 이 금액을 놓치고, 2034년까지면 두 해 합계 1억 2,000만 원입니다.

자산총액도 같습니다. 의료법인 D의 의료수익이 180억 원, 자산총액이 420억 원이라면, 별표 1 제37호가 보건업·사회복지 서비스업 기준을 평균매출액등 600억 원 이하로 정하므로 규모 기준 안에 들어와 개정 후 지원시책의 문이 열립니다. 반면 세법에서는 5천억 원 문턱을 통과하더라도 시행령 제2조 제1항의 나머지 요건과 비영리법인의 수익사업 과세구조를 각각 확인해야 합니다.

판정을 그르치면 세액공제·감면을 과다 또는 과소 계상하게 되고, 곧 법인세비용·미지급법인세·이연법인세자산의 오류로 번집니다. 규모 기준을 넘긴 해에는 두 판정을 문서로 남기는 것이 결산 품질을 지키는 가장 싼 방법입니다.

정리해보면

개정법은 아직 공포안이 국무회의를 통과한 단계이고, 세 주체가 충족해야 하는 “일정 요건”은 시행령에서 정해집니다. 공포된 법률과 개정 시행령을 함께 확인해야 합니다.

가장 흔한 착오는 “중소기업 확인서가 있으니 세법상 중소기업이다”라는 판단입니다. 확인서는 중기법 기준으로 발급되고, 세액감면·세액공제는 조세특례제한법 시행령 제2조와 각 감면 조항으로 다시 판정합니다. 두 판정이 다르면 근거를 결산 조서에 남기고 세무조정에 반영해야 합니다.

— 우리 회사가 중소기업기본법 제2조 제1항 제1~5호 중 어디에 해당하는지 먼저 확인합니다.

— 시행령 제3조 제1항의 세 관문(업종별 별표 1 기준, 자산총액 5천억 원 미만, 30% 최다출자자 독립성)을 각각 대조합니다.

— 세제 혜택은 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항으로 다시 대조하고, 부동산 임대업·소비성서비스업 배제를 확인합니다.

— 규모 기준을 처음 넘긴 연도를 특정해 중기법 5년과 조특법 5개(상장기업 7개) 과세연도를 각각 계산합니다.

— 두 판정 결과가 다르면 근거를 결산 조서에 남기고 세무조정·이연법인세 계산에 반영합니다.

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