과세·면세를 함께 하면 못 돌려받는 부가세가 생깁니다 — 그 600만 원은 비용이 아니라 자산입니다

에듀테크나 헬스케어처럼 과세사업과 면세사업을 함께 하는 회사가 서버나 설비를 사면, 부담한 부가가치세를 전액 돌려받지 못합니다. 이 못 돌려받는 금액을 세금과공과로 털어야 할지, 자산의 취득원가에 얹어야 할지를 기준서와 세법 조문으로 정리했습니다. 본문 금액은 모두 설명을 위한 가정 예시입니다.

공통매입세액 중 면세사업 관련으로 확정되어 공제받지 못하는 부분은 환급불가능한 취득 관련 세금이므로 유형자산의 원가를 구성합니다(K-IFRS 제1016호 문단 16⑴). 당기비용으로 털면 첫해 비용이 몰려 이익과 자산이 함께 어긋납니다. 다만 확정된 금액만 자산화 대상이며, 예정신고 때 안분한 금액은 확정신고 정산으로 달라질 수 있습니다. 근거는 한국회계기준원 K-IFRS 신속처리질의(회신일 2022.12.15., 공개일 2023.12.27.)입니다.

2억 원짜리 서버를 샀는데 부가세 600만 원을 못 돌려받습니다

에듀테크나 헬스케어처럼 과세사업과 면세사업을 같이 하는 스타트업이 많습니다. 소프트웨어 구독료는 과세, 교육용역이나 의료용역은 면세인 식입니다. 이런 회사가 서버를 사면 두 사업에 함께 쓰므로 면세사업에 해당하는 만큼은 공제가 되지 않습니다. 질의는 이 부가가치세 공통매입세액을 유형자산의 원가에 포함해야 하는지를 물었습니다. 실무에서는 세금과공과로 털어 버리는 경우가 많습니다.

부가가치세법 제40조는 겸영사업자의 매입세액 계산을 실지귀속에 따르되, 구분할 수 없는 매입세액인 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준으로 안분하도록 정합니다. 계산식은 시행령 제81조 제1항에 있고, 예정신고 때 안분한 뒤 확정신고 때 정산합니다.

두 사업에 함께 쓰는 서버를 공급가액 2억 원, 부가가치세 2,000만 원에 취득하고 면세공급가액 비율 30%, 내용연수 5년 정액법을 가정합니다. 안분하면 면세사업 관련 매입세액은 600만 원이고, 이 금액은 공제받지 못해 회사가 그대로 부담합니다. 이하 금액은 모두 설명용 가정 예시이며 원 질의에는 금액이 없습니다.

돌려받지 못하는 세금은 그 자산을 사기 위해 쓴 돈입니다

K-IFRS 제1016호 문단 16은 유형자산의 원가를 관세 및 환급불가능한 취득 관련 세금을 가산한 구입가격, 경영진이 의도하는 방식으로 자산을 가동하는 데 직접 관련되는 원가, 해체·제거·부지복구 추정원가로 구성합니다.

핵심은 문단 16⑴의 환급불가능한이라는 단어입니다. 부가가치세는 공제받아 돌려받을, 잠시 거쳐 가는 돈이라 보통 원가에 넣지 않습니다. 그런데 면세사업 몫 600만 원은 영영 돌려받지 못합니다. 회수되지 않는 취득원가, 관세와 똑같은 성격입니다.

회신도 같은 결론입니다. 공통매입세액 중 면세사업 관련 매입세액으로 확정된 부분이 환급 불가능한 취득 관련 세금이라면 유형자산의 원가를 구성한다는 것입니다. 면세공급가액 비율은 과세기간이 끝나야 확정되므로, 예정신고 때 잡은 금액은 추정치입니다(시행령 제81조 제1항 단서).

겸영사업자라고 언제나 안분하는 것은 아닙니다

시행령 제81조 제2항은 면세공급가액이 총공급가액의 5퍼센트 미만인 경우의 공통매입세액(500만 원 이상은 제외)과 공통매입세액이 5만 원 미만인 경우의 매입세액을 공제되는 매입세액으로 봅니다. 다만 이 회신은 신속처리질의로, 연구원 개인적인 견해이며 기준원 공식 의견과 다를 수 있습니다.

가정 예시로 보면 첫해 이익이 480만 원, 자산이 480만 원 어긋납니다

근거: K-IFRS 제1016호 문단 16⑴ · 부가가치세법 제40조 · 같은 법 시행령 제81조 제1항·제2항 · 법인세법 제21조 제1호 (금액은 모두 설명용 가정 예시)

기준서에 맞는 처리라면 취득원가는 2억 600만 원, 5년 정액이므로 연 상각비는 4,120만 원입니다. 당기비용으로 처리하면 취득원가 2억 원에 상각비 4,000만 원, 세금과공과 600만 원이 더해져 첫해 비용이 4,600만 원입니다.

첫해 비용이 480만 원 더 많아 세전이익이 그만큼 적게 나타나고, 같은 금액만큼 자산총계가 과소계상됩니다. 과세표준 2억 원 초과 200억 원 이하 구간(법인세율 20%에 지방소득세 10%를 더한 22%, 2026년 기준)의 흑자 법인이라면 당기순이익은 374만 원 적게 나타납니다. 5년을 다 보면 600만 원은 어느 방법이든 전부 비용이 됩니다. 첫해에 몰아 터느냐, 5년에 나눠 담느냐의 차이입니다.

세무상 취급과 확정신고 정산

법인세법 제21조 제1호는 부가가치세 매입세액을 손금불산입 대상으로 정하면서 부가가치세가 면제되는 등 대통령령으로 정하는 경우의 세액은 제외한다는 괄호를 둡니다. 불공제 매입세액은 이 괄호에 해당해 취득가액에 포함한 뒤 감가상각으로 손금화할 수 있습니다. 다만 예정신고 때 얹은 금액은 확정신고 때 정산되므로, 달라진 금액을 취득원가에서 조정할지 판단해야 합니다.

겸영사업자가 설비를 살 때 점검할 것들

먼저 확인할 것은 정말 공통매입세액인가입니다. 제40조는 실지귀속을 원칙으로 하고 구분할 수 없는 것만 안분하라고 합니다. 서버 일부를 교육 서비스 전용, 나머지를 구독 서비스 전용으로 쓴다면 실지귀속으로 나누는 것이 먼저입니다.

또 하나, 이 회신은 유형자산 취득의 이야기입니다. 재고자산이나 비용성 지출에 딸린 불공제 매입세액은 각각 그 자산의 원가나 비용에 더해져 흘러가는 자리가 다릅니다. 면세 비중이 크게 바뀌면 감가상각자산 매입세액 재계산 규정이 따로 적용될 수 있습니다.

정리해보면

확정돼 공제받지 못하는 공통매입세액은 환급불가능한 취득 관련 세금이므로 유형자산의 원가를 구성합니다(제1016호 문단 16⑴). 안분은 면세공급가액 비율로 하되 확정신고 때 정산하며, 면세 비율 5퍼센트 미만이거나 공통매입세액 5만 원 미만이면 전액 공제될 수 있습니다.

가정 예시로는 600만 원을 당기비용으로 털면 첫해 세전이익 480만 원, 당기순이익 374만 원이 적게 나타나고 자산도 480만 원 과소계상됩니다. 안분 결과를 재무제표에 어떻게 앉힐지는 회계와 부가가치세가 맞물리는 자리라 결산에서 자주 어긋나므로, 취득 시점에 안분 근거와 정산 계획을 남겨 두시길 권합니다.

— 먼저 실지귀속으로 나눌 수 있는지 본다. 나눌 수 있으면 안분 대상이 아니다(부가가치세법 제40조)

— 면세공급가액 비율 5퍼센트 미만(공통매입세액 500만 원 이상은 제외)이거나 공통매입세액 5만 원 미만이면 전액 공제된다(시행령 제81조 제2항)

— 공제받지 못하는 것으로 확정된 금액만 유형자산 원가에 가산한다. 예정신고 안분액은 추정치이므로 확정신고 정산 결과로 조정 여부를 판단한다(제1016호 문단 16⑴, 시행령 제81조 제1항 단서)

— 가정 예시(서버 2억 원·부가세 2,000만 원·면세비율 30%·5년 정액)에서 취득원가는 2억 600만 원, 연 상각비는 4,120만 원이며, 당기비용 처리 시 첫해 세전이익 480만 원·당기순이익 374만 원이 적게 나타난다

— 면세사업 관련 불공제 매입세액은 법인세법 제21조 제1호 손금불산입 대상에서 제외되어 감가상각으로 손금화되며, 재고자산·비용성 지출에 딸린 불공제분은 흘러가는 자리가 다르다

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