장애인 고용부담금, 2025년분부터는 손금으로 안 빠집니다

제재로 부과되는 것이 아니니 손금으로 인정된다. 지금까지의 이 논리가 법인세법 제21조 제5호 개정으로 뒤집혔습니다. 국세청 과세기준자문 기준-2026-법규법인-0031이 그 결론을 확인했습니다.

장애인 고용부담금은 2024년 12월 31일 법률 제20613호로 개정되기 전의 「법인세법」 제21조 제5호에 따른 공과금에는 해당하지 않지만, 개정된 제21조 제5호에 따른 공과금에는 해당합니다. 즉 손금불산입입니다(국세청 과세기준자문 기준-2026-법규법인-0031, 회신일 2026년 6월 2일). 적용 기준은 납부일이 아니라 2025년 1월 1일 이후 장애인 고용에 대한 의무 불이행에 따라 부담금 의무가 발생하는 분부터이며, 이 조정은 영구적 차이여서 이연법인세자산을 인식할 여지가 없습니다.

상시 100명을 넘으면 매년 청구서가 옵니다

상시근로자가 100명 이상이 되면 관리 부담은 계단식으로 올라갑니다. 그중 하나가 장애인 고용부담금입니다. 「장애인고용촉진 및 직업재활법」 제33조 제1항은 의무고용률에 못 미치는 사업주가 매년 부담금을 납부하도록 하면서, 상시 100명 미만의 근로자를 고용하는 사업주는 제외한다고 규정합니다.

금액은 같은 조 제2항에 따라 의무고용 장애인 총수에서 매월 상시 고용한 장애인 수를 뺀 수에 부담기초액을 곱한 연간 합계액입니다. 2026년 부담기초액은 1인당 월 1,295,000원이며(고용노동부 고시 제2025-133호), 고용 비율이 의무 인원의 4분의 3 이상일 때 적용되고 미달하면 가산액이 붙습니다. 신고·납부는 다음 연도 1월 31일까지이며, 시행령 제25조는 의무고용률을 2027년 1000분의 33, 2029년 1000분의 35로 단계 인상하도록 정했습니다.

제재가 아니라는 논리가 더는 통하지 않습니다

먼저 — 논점의 자리는 제4호와 제5호 사이

「법인세법」 제21조는 손금에 산입하지 않는 세금과 공과금을 열거합니다. 제4호는 법령에 따라 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금을, 개정 후 제5호는 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반을 이유로 부과되는 공과금을 대상으로 합니다. 종전에는 이 부담금이 두 호 어디에도 들어가지 않았습니다. 의무적으로 내는 것이니 제4호가 아니고, 개정 전 제5호의 제재로 부과되는 공과금도 아니라고 봤기 때문입니다.

다음 — 바뀐 문언이 결론을 뒤집습니다

국세청 과세기준자문 기준-2026-법규법인-0031(회신일 2026년 6월 2일)은 재정경제부 법인세제과-415를 인용해, 이 부담금이 개정 전 제5호의 공과금에는 해당하지 않지만 개정된 제5호의 공과금에는 해당한다고 정리했습니다. 의무고용률이라는 법령상 의무를 이행하지 못해 부과되는 공과금이라는 것입니다.

조심할 지점은 적용 시기입니다. 개정 규정은 2025년 1월 1일 이후 의무 불이행에 따라 부담금 의무가 발생하는 분부터 적용되며, 기준은 납부일이 아닙니다. 2025년에 미달했다면 실제 납부가 2026년 1월이더라도 손금불산입 대상이고, 2024년까지의 미달분은 종전 해석에 따릅니다. 또 이 항목은 영구적 차이여서 세무상 손금이 되지 않아 이연법인세자산을 인식할 여지가 없습니다.

근거: 「법인세법」 제21조 제4호·제5호(2024년 12월 31일 법률 제20613호 개정) · 국세청 과세기준자문 기준-2026-법규법인-0031(회신일 2026-06-02) · 재정경제부 법인세제과-415(2026-05-29)

미달 3명이면 부담금 4,662만 원, 늘어나는 세금은 1,025만 원

아래 숫자는 가정 예시이며 자문 원문에는 금액이 없습니다. 상시근로자 400명 규모의 회사가 2026년 매월 의무고용 인원 12명 가운데 9명만 고용해 3명씩 미달했다고 하겠습니다. 고용 비율이 75%여서 가산 없이 기본 부담기초액이 적용되므로, 부담금은 3명 × 1,295,000원 × 12개월 = 46,620,000원입니다.

이 4,662만 원은 회계상 판매관리비지만 세무조정에서는 전액 손금불산입됩니다. 세전이익 10억 원을 가정하면 법인세율은 과세표준 2억 원 이하 10%, 2억 원 초과 20%이므로 손금 인정 시 법인세가 1억 8,000만 원, 손금불산입 시에는 과세표준 10억 4,662만 원에 대해 1억 8,932만 4,000원입니다. 법인세 932만 4,000원에 지방소득세 93만 2,400원을 더한 1,025만 6,400원이 늘어납니다.

유효세율은 지방소득세를 포함해 19.80%에서 20.83%로 올라갑니다. 이는 늘어난 과세표준 4,662만 원에 한계세율 22%(법인세 20% + 지방소득세 2%)를 곱한 결과입니다. 종전 해석대로라면 실질 부담이 3,636만 3,600원이지만 2025년 이후 의무 불이행분은 절감 효과가 없어 4,662만 원 전액이 되고, 체감 부담이 약 1.28배로 커집니다.

결산 전에 확인할 것 — 부담금이 어느 해에 걸려 있는지

가장 먼저 확인할 것은 어느 해의 의무 불이행분인지입니다. 부담금은 다음 해 1월에 신고·납부하므로 납부한 해의 비용으로 처리하는 회사가 적지 않습니다. 손비의 귀속 사업연도는 이 자문의 범위가 아니므로, 회계상 인식 시점과 세무조정 연도가 맞는지는 별도로 확인해야 합니다.

다음은 다른 부담금과의 구분입니다. 이 자문의 결론은 장애인 고용부담금에 한정되며, 다른 부담금은 근거 법령과 성격에 따라 개별 판단해야 합니다. 마지막은 감면 제도입니다. 같은 법 제33조 제4항은 인증받은 장애인 표준사업장에 도급을 준 사업주의 부담금을 감면할 수 있게 하고, 제10항은 분할 납부 대상 부담금을 기한에 모두 내면 부담금액의 100분의 5 이내에서 정하는 금액을 공제하도록 합니다.

정리해보면

장애인 고용부담금은 개정된 「법인세법」 제21조 제5호의 공과금에 해당해 손금불산입됩니다. 적용 시기는 납부일이 아니라 2025년 1월 1일 이후 의무 불이행분부터이고, 영구적 차이여서 이연법인세자산을 인식할 수 없습니다. 가정 예시에서 부담금 4,662만 원이 손금불산입되면 세부담이 1,025만 6,400원 늘고 실질 부담은 부담금 전액이 됩니다.

—대상 여부 확인 — 상시근로자 수가 100명 이상인지부터 확인한다. 100명 미만이면 부담금 납부 대상이 아니다(「장애인고용촉진 및 직업재활법」 제33조 제1항)

—귀속 연도 판정 — 개정 규정 적용 여부는 의무 불이행에 따라 부담금 의무가 발생한 시점으로 판단하고, 회계상 인식 시점과 세무조정 대상 사업연도가 어긋나지 않는지 확인한다

—세무조정과 이연법인세 — 2025년 1월 1일 이후 의무 불이행분부터는 전액 손금불산입으로 조정하고, 영구적 차이이므로 이연법인세를 인식하지 않는다

—감면 요건 검토 — 장애인 표준사업장 도급을 통한 연계고용 감면과 일시납부 공제 요건을 검토해 실질 부담을 줄일 수 있는지 확인한다(같은 법 제33조 제4항·제10항)

—향후 부담 추정 — 2027년 1000분의 33, 2029년 1000분의 35로 오르는 의무고용률을 반영해 2029년까지의 부담금을 미리 추정한다(같은 법 시행령 제25조)

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