지주회사 만들고 합병했더니 자기주식이 소각됐습니다 — 미뤄 둔 세금이 한꺼번에 나올까요

자회사 주식을 현물출자해 지주회사를 세우면 양도차익에 대한 과세가 미뤄집니다. 그 뒤 지주회사와 현물출자 법인을 합병해 생긴 자기주식을 소각하면 미뤄 둔 세금이 한꺼번에 나오는지가 문제였습니다. 2026년 세제개편안(정부안)은 이 경우에 대한 추징 예외를 신설하고 현물출자 과세특례의 적용기한도 연장합니다.

현행 조특법 제38조의2는 2026년 12월 31일까지 현물출자분에는 지주회사 주식 처분 시까지 과세이연을, 2027년 1월 1일 이후 현물출자분에는 4년 거치 3년 분할을 적용합니다. 2026년 세제개편안은 과세이연 방식의 적용기한을 2028년 12월 31일까지 2년 연장하고, 적격합병으로 기존 지주회사 주식이 자기주식으로 전환·소각되는 경우 압축기장충당금을 최초 현물출자한 자회사 주식으로 이전해 계상하는 추징 예외를 신설합니다(조특령 제35조의3). 이전되지 않는 금액은 5년간 분할 익금산입하며, 적용시기는 특정 연도 1월 1일이 아니라 영 시행일 이후 자기주식등 소각분부터입니다.

2026년과 2027년, 같은 조문인데 결과가 완전히 다릅니다

자회사 주식을 현물출자해 지주회사를 세우면 그때 생긴 양도차익에 대한 세금을 당장 내지 않습니다. 면제가 아니라 미뤄 둘 뿐입니다. 문제는 그 뒤 지주회사와 현물출자 법인을 합병해 기존 지주회사 주식이 자기주식으로 바뀌고, 그것을 소각할 때입니다.

조세특례제한법 제38조의2 제1항은 내국인 주주가 2029년 12월 31일까지 요건을 갖추어 주식을 현물출자해 지주회사를 설립·전환하면 양도차익 상당액의 과세를 이연받거나 분할납부할 수 있다고 정합니다. 어느 쪽인지는 현물출자 시점으로 갈립니다. 2019년 개정 부칙 제44조는 2026년 12월 31일 이전 현물출자분에 종전 규정을, 부칙 제19조는 2027년 1월 1일 이후 분부터 개정규정을 적용합니다.

따라서 2026년 12월 31일까지 현물출자한 분은 지주회사 주식을 처분할 때까지 과세가 이연되고, 처분하지 않으면 납부 시점 자체가 오지 않습니다. 2027년 1월 1일 이후 분은 제38조의2 제3항에 따라 양도일이 속하는 사업연도와 그 종료일 이후 3개 사업연도까지 익금에 산입하지 않고 그다음 3개 사업연도에 균분액 이상을 산입하는 4년 거치 3년 분할입니다. 처분 전까지 무기한 이연이냐 7년 내 청산이냐가 갈립니다.

과세이연은 2028년까지, 분할납부는 2029년부터 — 그리고 추징 예외 신설

2026년 8월 3일 발표된 2026년 세제개편안(정부안)은 두 갈래로 이 지점을 손봅니다. 첫째는 적용기한 조정입니다. 과세이연 방식의 적용기한이 2026년 12월 31일에서 2028년 12월 31일로 2년 연장되고, 분할납부 적용기간은 2029년 1월 1일~2031년 12월 31일로 밀립니다. 2027·2028년 현물출자분도 처분 시까지 과세이연을 쓸 수 있게 됩니다.

자기주식 소각 시 추징 예외 신설 — 조특령 제35조의3

과세이연된 금액은 지주회사 주식 시가에서 현물출자 주식의 장부가액을 뺀 압축기장충당금으로 계상되고, 원칙적으로 그 지주회사 주식을 처분할 때 추징합니다. 예외는 적격분할로 기존 지주회사 주식을 이전해 순수지주회사를 설립하고 충당금을 그 주식으로 이전하는 경우 하나뿐이었습니다.

개편안은 적격합병으로 기존 지주회사 주식이 자기주식으로 전환·소각되는 경우를 추가해, 압축기장충당금을 최초 현물출자한 자회사 주식으로 이전해 계상합니다. 이전 금액은 충당금 잔액 × (소각 시 잔존 자회사 주식수 ÷ 최초 취득 자회사 주식수)이고, 이전되지 않는 부분은 5년간 분할 익금산입합니다. 적용시기는 시행령 사항이므로 영 시행일 이후 자기주식등 소각분부터이며, 특정 연도 1월 1일이 아닙니다.

근거: 조세특례제한법 제38조의2 제1항·제3항, 조세특례제한법 시행령 제35조의3, 2026년 세제개편안(정부안, 2026.8.3. 발표)

충당금 80억원·잔존 60%면 당기 세부담이 17억 6,000만원에서 1억 4,080만원으로

단순화한 예시로 보겠습니다. H사가 자회사 J사 주식 100만주(장부가액 20억원)를 전부 현물출자해 지주회사 K사를 설립했고, 대가로 받은 K사 주식의 시가는 100억원이었습니다. 차액 80억원이 압축기장충당금으로 계상되고, 재무제표에는 이에 대응하는 이연법인세부채 17억 6,000만원(80억원 × 22%)이 함께 잡혀 있습니다.

이후 K사가 J사 주식 40만주를 처분해 소각 시점 잔존 주식은 60만주이고, K사와 H사를 적격합병해 전환된 자기주식을 소각했습니다. 현행처럼 추징 예외가 없다면 충당금 80억원 전액을 익금산입해 22%(지방소득세 포함) 기준 17억 6,000만원이 당기 법인세로 확정됩니다.

개편 후에는 80억원에 60만주를 100만주로 나눈 비율을 곱한 48억원이 J사 주식으로 이전되어 처분 시까지 이연되고, 나머지 32억원만 5년간 분할해 연 6억 4,000만원씩 산입됩니다. 첫 사업연도 법인세는 1억 4,080만원입니다.

달라지는 것은 당기순이익이 아니라 현금과 부채의 구성입니다

이연법인세부채가 적정하게 계상돼 있었다면 추징 시 회계처리는 당기법인세부채 인식과 이연법인세부채 환입이어서 법인세비용 순액은 0이고, 당기순이익과 자본총계는 두 경우 모두 변하지 않습니다. 현행이라면 이연법인세부채 17억 6,000만원이 전액 소멸하지만, 개편 후에는 이전분 48억원에 대응하는 10억 5,600만원과 미산입분에 대응하는 5억 6,320만원을 합쳐 16억 1,920만원이 남습니다. 해당 사업연도 법인세 부담 차이도 같은 금액입니다.

합병 직후는 현금이 가장 빠듯한 시점이므로 이 차이가 구조 개편의 실행 여부를 가릅니다. 다만 이연은 면제가 아닙니다. 옮겨 간 48억원은 J사 주식을 처분하면 익금에 산입되고 10억 5,600만원이 당기법인세로 바뀌어 현금이 나갑니다.

정리해보면

이번 개편의 핵심은 구조를 한 번 더 손보는 데 따르던 세제상 벌칙이 줄어든다는 점입니다. 다만 적용시기가 영 시행일 이후 소각분이라 시행령 공포 일정에 달려 있어, 소각을 서두르면 예외를 못 받을 수 있습니다. 과세이연이 2028년 12월 31일까지 연장되는 만큼 그 안에 현물출자를 마칠지도 함께 따져야 하며, 개편안은 정부안 단계여서 계산식은 조정될 수 있습니다.

—현물출자 시점 확인 — 2026년 12월 31일 이전이면 처분 시까지 과세이연, 2027년 이후면 4년 거치 3년 분할(부칙 제19조·제44조)

—충당금 잔액과 주식수 확인 — 압축기장충당금 잔액은 계산식에 곱해지는 금액, 최초 현물출자로 취득한 자회사 주식수는 분모

—기처분 주식 정리 — 소각 시점 이전에 처분한 자회사 주식분은 이전되지 않고 5년간 분할 익금산입

—적격합병 요건 선확정 — 추징 예외는 적격합병을 전제로 하며, 자기주식 소각 일정은 시행령 시행일 이후로 잡아야 함

—이연법인세부채 계상 여부 점검 — 계상돼 있다면 추징 시 당기순이익은 그대로이고 당기법인세부채만 늘어남. 이연은 면제가 아님

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