기술 목록에 오른 해가 공제 종료일을 정합니다 — 세부기술별 적용기한 도입

신성장·원천기술과 국가전략기술은 지금까지 목록에 올라 있기만 하면 제도 일몰까지 같은 공제율을 받았습니다. 2026년 세제개편안은 제도 전체의 적용기한은 그대로 두고, 세부 기술과 세부 시설마다 선정연도에 따라 종료일을 다르게 붙입니다. 2020년 이전에 선정된 항목부터 기한이 앞당겨집니다.

제도 전체의 적용기한(신성장·국가전략 2029년 12월 31일, 반도체 2031년 12월 31일)은 유지되지만, 세부기술은 2017년 이전 선정 2027년 12월 31일, 2018~2020년 선정 2028년 12월 31일로 종료일이 앞당겨집니다. 통합투자세액공제는 세부시설별 기한이 신설되고, 기한이 없던 신성장사업화시설에도 2029년 12월 31일 일몰이 새로 생깁니다. 2016년 선정 기술로 연 20억 원을 연구개발하는 중소기업은 공제율이 30%에서 25%로 내려가 연 1억 원을, 100억 원 설비투자는 12%에서 10%로 내려가 2억 원을 잃습니다. 다만 이 항목의 적용시기는 상세본에 표기되어 있지 않아 개정안 부칙 확인이 필요합니다.

목록에 올라간 해가 새로운 변수가 됩니다

신성장·원천기술과 국가전략기술은 연구개발비 세액공제에서 일반 기술보다 높은 공제율을 적용받습니다. 조세특례제한법 제10조 제1항 기준으로 신성장·원천기술은 중소기업 30%, 국가전략기술은 40%로, 일반 연구·인력개발비 당기분 방식의 25%와 차이가 뚜렷합니다.

이 목록은 시행령·시행규칙 별표에 담겨 있고, 한 번 오르면 별도로 빼기 전까지 남아 있었습니다. 2017년에 올라온 기술이든 2024년에 올라온 기술이든 제도 일몰인 2029년 12월 31일까지 같은 대우를 받았습니다.

2026년 8월 3일 발표된 세제개편안 정부안은 여기에 층을 냅니다. 제도 전체의 적용기한은 그대로 두면서, 세부 기술과 세부 시설마다 언제 목록에 올랐는가에 따라 종료일을 다르게 붙입니다. 개정이유는 관리 효율화입니다. 다만 상세본에 이 항목의 적용시기가 표기되어 있지 않아, 효력 발생 시점은 개정안 부칙에서 확인해야 합니다.

선정연도가 2017년 이전이면 2027년 말, 2018~2020년이면 2028년 말

연구개발비 세액공제부터 봅니다. 제도 전체의 적용기한은 그대로이고, 새로 들어오는 것은 세부기술별 적용기한입니다. 선정연도에 따라 종료일이 아래와 같이 갈립니다.

근거: 조특법 §10 · §24①, 조특령 별표7 · 별표7의2

반도체 외 기술은 제도 일몰인 2029년 12월 31일이 어차피 상한이므로, 실질적으로 기한이 앞당겨지는 대상은 2020년 이전에 선정된 기술들입니다. 반도체는 제도 일몰이 2031년이라 선정연도에 따라 2027년부터 2031년까지 갈립니다.

통합투자세액공제는 없던 일몰이 새로 생깁니다

통합투자세액공제 쪽에는 성격이 다른 변화가 있습니다. 현행에서 신성장사업화시설 등에는 적용기한이 없었고, 국가전략기술사업화시설 등에만 2029년 12월 31일이 붙어 있었습니다. 개편안은 여기에도 2029년 12월 31일 적용기한을 신설하고, 세부시설별로는 2017년 이전 2027년 말, 2018~2020년 2028년 말, 2021년 이후 2029년 말로 나눕니다.

나머지 항목이 이미 있던 일몰을 세부 단위로 쪼개는 작업이라면, 이것은 없던 기한을 만드는 변화입니다. 2029년 12월 31일이라는 선이 생기면 장기 설비투자 로드맵의 마지막 구간이 잘립니다.

공제율 30%가 25%로 — 연구개발비 20억 원이면 연 1억 원

숫자로 보겠습니다. 12월 결산 중소기업 H사는 2016년에 별표에 오른 신성장·원천기술 T를 쓰고, 연간 연구개발비 20억 원, 법인세 과세표준 50억 원입니다. 수입금액 대비 비율 가산분은 없다고 가정합니다.

연구개발비 세액공제 — 6억 원에서 5억 원으로

2027년까지는 공제율 30%가 적용되어 6억 원입니다. 2028년에는 세부기술 적용기한이 끝나 일반 연구·인력개발비 세액공제로 넘어가고, 당기분 방식 중소기업 25%를 적용해 5억 원이 됩니다. 차이는 연 1억 원입니다. 과세표준 50억 원의 산출세액은 법인세법 제55조 제1항 제1호에 따라 9억 8,000만 원이므로, 납부할 법인세는 3억 8,000만 원에서 4억 8,000만 원으로 늘어납니다. 법인지방소득세는 지방세법 제103조의20에 따라 9,800만 원으로 두 해 모두 같습니다. 조특법상 세액공제는 법인세에서만 빠지기 때문입니다.

설비투자 — 100억 원이면 2억 원

같은 회사가 2016년 선정 신성장사업화시설에 100억 원을 투자한다면, 2027년 안에는 신성장 기본공제율 중소기업 12%로 12억 원, 2028년에는 일반 기본공제율 10%가 적용되어 10억 원입니다. 계약과 인도 시점이 한 해 넘어가면 2억 원이 사라집니다.

회계처리는 그대로, 바뀌는 것은 법인세비용 한 줄

세액공제는 연구개발비의 회계처리와 관계가 없습니다. 연구단계 지출은 비용으로, 개발단계 지출은 K-IFRS 제1038호의 여섯 가지 요건을 채우면 개발비로 자산화한다는 원칙은 공제율이 30%든 25%든 똑같습니다. 앞 사례에서도 달라지는 것은 법인세비용 한 줄뿐이고, 당기순이익이 45억 2,200만 원에서 44억 2,200만 원으로 1억 원 줄어듭니다.

이연법인세도 짚어 둡니다. 세액공제액이 산출세액을 넘으면 10년간 이월되고, 이 이월공제액은 K-IFRS 제1012호에 따라 미래에 사용될 가능성이 높을 때만 이연법인세자산으로 인식합니다. 공제율이 내려가면 이월액도 줄어들므로 인식해 둔 이연법인세자산의 회수가능성을 다시 따져 봐야 합니다.

정리해보면

제도 전체의 적용기한은 그대로 두되, 세부 기술과 세부 시설마다 선정연도에 따른 종료일이 새로 붙습니다. 가장 먼저 닥치는 날짜는 2027년 12월 31일이고, 2017년 이전에 오른 항목이 그날 끝납니다.

그런데 우리 회사 기술이 몇 년도에 선정됐는지 아는 회사는 많지 않습니다. 조특령 별표7·7의2와 조특칙 별표6·6의2에서 해당 항목의 신설 연혁을 확인하는 것이 출발점입니다.

이번 개편안은 국가전략기술에서 수소 분야를 미래형 에너지 분야로 확대하는 안도 담고 있고, 이쪽은 2027년 1월 1일 이후 발생분·투자분부터 적용됩니다. 오래된 기술을 정리하는 한편 새 분야를 넓히는 구조입니다.

—세부기술 선정연도 확인 — 적용받고 있는 신성장·원천기술 또는 국가전략기술 항목과 그 선정연도를 조특령 별표7·7의2에서 확인. 2017년 이전 선정이면 2027년 12월 31일이 종료일

—2028년 이후 설비투자 재점검 — 신성장사업화시설·국가전략기술사업화시설 해당 여부와 세부시설 선정연도 확인. 한 해 차이로 공제율이 12%에서 10%로 갈릴 수 있음

—신설 일몰의 장기계획 반영 — 신성장사업화시설 통합투자세액공제에 2029년 12월 31일 적용기한이 새로 생기는 점을 장기 투자계획에 반영. 현행은 기한 없음

—일반 공제와 매년 비교 — 세부기술 적용기한이 끝나도 일반 연구·인력개발비 세액공제(중소기업 당기분 25%, 증가분 50%)는 계속 가능하므로 두 방식 중 유리한 쪽을 비교

—이연법인세자산 회수가능성 재검토 — 공제율 하락으로 이월공제액이 줄어드는 경우 인식해 둔 이연법인세자산을 다시 평가(K-IFRS 제1012호)

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