R&D 5억·설비 20억, 지역만 달라도 법인세 1억 6,250만 원 차이 (2026년 세제개편안 지방우대계수)

2026년 세제개편안은 연구·인력개발비 세액공제와 통합투자세액공제의 기준 공제율에 지역별 계수 1.0~1.5를 곱하는 방식을 신설합니다. 같은 금액을 쓰고도 사업장 위치에 따라 공제액이 최대 1.5배로 갈립니다. 계수와 함께 들어오는 50% 한도, 구분경리 의무, 최저한세까지 함께 정리했습니다.

2026년 세제개편안은 연구·인력개발비 세액공제(조특법 제10조)와 통합투자세액공제(제24조)의 기준 공제율에 지방우대계수를 곱합니다. 수도권 1.0, 비수도권 광역시 등 1.1, 기타 비수도권 1.3, 기타 비수도권 우대지역 1.5로, 중소기업이 R&D 5억 원·설비 20억 원을 지출하면 공제액이 3억 2,500만 원에서 4억 8,750만 원으로 벌어집니다. 다만 R&D 공제율 50% 한도, 지역별 구분경리 의무, 과밀억제권역 배제, 최저한세와 이월공제를 함께 계산해야 실제 현금 효과가 나옵니다. 적용시기는 2027년 1월 1일 이후 R&D 비용 발생·투자분이고, 지역 목록은 2027년 2월 시행령 개정에서 확정됩니다.

사업장 위치가 공제율을 가르는 변수로 들어옵니다

2026년 세제개편안에서 연구개발과 설비투자를 계획한 회사가 먼저 계산기를 두드려 볼 항목은 지방우대계수입니다. 연구·인력개발비 세액공제(조세특례제한법 제10조)와 통합투자세액공제(제24조)는 그동안 기업 규모와 기술 분야로만 공제율을 갈랐지만, 개편안은 기준 공제율에 지역별 계수를 하나 더 곱합니다.

적용시기는 2027년 1월 1일 이후 R&D 비용이 발생하거나 투자하는 분부터입니다. 아직 국회를 통과하지 않은 정부안이고 지역 구분도 2027년 2월 정기 시행령 개정에서 확정되므로, 지금은 결론을 못 박을 때가 아니라 사업장별 지출 계획을 정리해 둘 때입니다.

계수는 네 층이고, 우대지역이면 한 층 올라갑니다

지역 구분은 네 단계입니다. 수도권은 1.0으로 지금과 같고, 비수도권 광역시 등과 수도권 안의 우대지역은 1.1, 기타 비수도권과 비수도권 광역시 등 안의 우대지역은 1.3, 기타 비수도권 안의 우대지역은 1.5입니다. 각 지역 안의 우대지역은 한 단계씩 올라가므로 수도권이라고 반드시 1.0은 아닙니다.

다만 비수도권 광역시 등과 우대지역의 구체적 목록은 아직 없습니다. 행정안전부의 지방우대지수(서울과의 거리, 인구·경제·사회여건 반영)를 고려해 2027년 2월 시행령 개정 때 정해집니다. 계수가 붙는 대상은 기준 공제율로, 정부 자료상 R&D 2~40%, 통합투자 1~30% 구간입니다.

계수가 가산율과 증가분 추가공제까지 곱해지는지는 확정 전입니다. 다만 정부 적용사례에서 대기업 국가전략기술 R&D·투자 공제액이 3,000억 원·1,500억 원에서 4,500억 원·2,250억 원으로 늘어난 것을 보면, 적어도 기본공제율에는 계수가 곱해집니다.

R&D 5억·설비 20억이면 지역에 따라 1억 6,250만 원이 갈립니다

2027 사업연도에 일반 연구·인력개발비 5억 원을 쓰고 통합투자세액공제 대상 설비에 20억 원을 투자한 중소기업 A사를 가정합니다. 과세표준은 30억 원, 증가분 추가공제는 없습니다. 기본공제율은 일반 연구·인력개발비 당기분 25%와 일반 사업용 유형자산 투자 10%로, 둘 다 가산율이 붙지 않아 계수를 그대로 곱할 수 있습니다.

수도권(1.0)은 R&D 1억 2,500만 원과 투자 2억 원을 합쳐 3억 2,500만 원, 1.5 지역은 37.5%·15%를 적용해 4억 8,750만 원입니다. 공제액 차이는 1억 6,250만 원, 정확히 50%입니다.

근거: 2026년 세제개편안(정부안) · 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 나목 1) · 제24조 제1항 제2호 가목 4) 가)

공제액이 아니라 실제 납부세액으로 보면

과세표준 30억 원의 산출세액은 5억 8,000만 원, 중소기업 최저한세는 과세표준의 7%인 2억 1,000만 원입니다(제132조 제1항). 수도권 사업장은 통합투자 2억 원을 빼고 남은 3억 8,000만 원에서 R&D 1억 2,500만 원을 다시 뺍니다. 중소기업의 연구·인력개발비 세액공제는 최저한세 대상이 아니기 때문입니다.

결정세액은 수도권 2억 5,500만 원, 1.5 지역 9,250만 원으로 차이는 1억 6,250만 원이고 실효세율로는 8.5%와 3.1%입니다. 같은 지출이 3년 이어지면 4억 8,750만 원입니다.

1.5배라는 말만 남기면 계산이 틀어집니다 — 네 가지 제약

제약이 네 가지 있습니다. 첫째, R&D 세액공제율에 50% 한도가 붙습니다. 국가전략기술 연구개발비의 중소기업 기본공제율 40%에 1.5를 곱하면 60%가 되므로 개편안은 이를 50%에서 자릅니다. 둘째, 지역별 구분경리가 의무화되어 사업장별로 장부를 나누고 인건비·재료비·위탁연구비의 귀속 근거를 갖춰야 합니다.

셋째, 통합투자세액공제는 지금도 수도권 과밀억제권역 투자를 배제하는데(제130조), 중소기업은 증설투자만 배제되고 중소기업이 아닌 자는 1990년 1월 1일 이후 설치·이전한 사업장의 사업용 고정자산이 통째로 배제됩니다. 앞 사례의 수도권 수치는 배제되지 않는 사업장을 전제로 합니다.

넷째, 실제 한도는 산출세액과 최저한세입니다. 과세표준을 20억 원으로 낮추면 1.5 지역 공제액 4억 8,750만 원 중 그해 쓰이는 것은 산출세액 3억 8,000만 원뿐이고 나머지 1억 750만 원은 10년 이월공제로 넘어갑니다(제144조). 수도권 결정세액이 5,500만 원이므로 그해 현금 차이는 5,500만 원으로 줄어듭니다.

정리해보면

지방우대계수는 기준 공제율에 1.0~1.5를 곱하는 방식이고, 각 지역 안의 우대지역은 한 단계 상향됩니다. 중소기업이 R&D 5억 원·설비 20억 원을 지출하면 공제액이 3억 2,500만 원에서 4억 8,750만 원으로 늘고, 결정세액은 2억 5,500만 원에서 9,250만 원으로 줄어듭니다.

다만 계수만 보고 이전을 결정할 일은 아닙니다. 지방이전·특구입주 조세특례에는 위장이전 추징과 고용 유지 요건, 감면세액의 30%를 해당 지역에 다시 쓰는 지역환류 의무가 신설됩니다. 이미 지방에 사업장이 있다면 중소기업 취업자 근로소득세 감면과 창업중소기업 세액감면 재설계도 함께 확인해야 합니다.

—사업장별 지출 집계 — 2027년 이후 예정된 R&D 지출과 설비투자 금액을 사업장별로 나눠 미리 집계해 둘 것

—지역 등급 재확인 — 사업장 소재지가 네 단계 중 어디에 해당할지 시행령 확정 후 재확인할 것, 수도권이라도 우대지역이면 1.1

—구분경리 설계 — 지역별 구분경리 체계를 미리 설계할 것, 인건비·재료비·위탁연구비의 사업장 귀속 근거 포함

—설비 설치 위치 — 통합투자세액공제는 수도권 과밀억제권역 투자가 배제될 수 있다는 점(조특법 제130조, 중소기업은 증설투자 기준)을 반영할 것

—현금 시점 계산 — 산출세액과 최저한세(중소기업 7%) 한도, 10년 이월공제를 반영해 실제 현금이 줄어드는 시점을 계산할 것

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