자기주식 처분이익 3,000만 원이 익금에서 빠집니다 — 자기주식 과세 자본거래 일원화

2026년 3월 6일 시행된 개정 상법이 자기주식을 자본으로 명확히 하면서, 2026년 8월 3일 발표된 세제개편안은 자기주식 관련 과세를 자본거래로 일원화합니다. 법인은 처분이익이 익금에서 빠지고, 주주는 취득 목적과 관계없이 의제배당으로 과세됩니다. 방향이 반대인 데다 기준이 되는 행위도 취득과 처분으로 갈립니다.

2026년 세제개편안은 자기주식등 처분이익을 법인세법 제17조 제1항의 익금불산입 대상에, 처분손실을 제20조 손금불산입 대상에 추가합니다. 처분이익 3,000만 원 사례에서 법인세·지방소득세 660만 원과 세무조정 한 줄이 사라집니다. 반대로 주주는 취득 목적을 따지지 않고 의제배당으로 과세되어, 차액 4,500만 원 사례의 양도소득세 467만 5천 원이 배당 원천징수 693만 원으로 바뀝니다. 다만 법인 처분손익은 2027년 1월 1일 이후 처분분, 주주 의제배당은 같은 날 이후 취득분 기준이라 시점이 어긋나므로 취득일·처분일·대금 지급일을 각각 확인해야 합니다.

개정 상법이 자기주식을 자본으로 못 박았습니다

2026년 3월 6일 공포·시행된 개정 상법(법률 제21448호)은 자기주식을 자본으로 명확히 했습니다. 배당·신주인수권 같은 자익권까지 없앴고(제341조의3 제1항), 취득일부터 1년 내 소각이 원칙이 되었으며(제341조의4 제1항), 처분할 때는 신주발행 절차를 준용해야 합니다(제342조 제4항).

반면 세법은 처분을 자산의 양도로 보아 처분이익을 익금에 넣었습니다. 같은 거래를 회계는 자본거래로, 세법은 손익거래로 본 셈입니다.

2026년 8월 3일 발표된 세제개편안은 이 어긋남을 정리합니다. 법인은 처분이익을 익금에서 빼고, 주주는 취득 목적을 따지지 않고 의제배당으로 과세합니다. 둘 다 2027년 1월 1일 이후분이지만 기준 행위가 하나는 취득, 하나는 처분이라 시점이 어긋나고, 방향도 반대여서 법인의 세부담은 줄고 주주의 세부담은 늘어납니다.

법인 — 세무조정 한 줄과 세금 660만 원이 사라집니다

현행 근거는 법인세법 시행령 제11조 제2호의2입니다. 익금이 되는 수익에 자기주식의 양도금액을 두고 있어, 팔면 양도금액과 취득가액의 차액이 과세소득에 들어갑니다.

과세표준 3억 원인 비상장 스타트업 A사가 자기주식 1만 주를 주당 5,000원(5,000만 원)에 취득했다가 임직원 보상 재원으로 주당 8,000원(8,000만 원)에 처분했다면 처분이익은 3,000만 원입니다.

회계에는 없는 이익에 세금만 붙던 구조

회계에서는 이 3,000만 원이 손익계산서에 나오지 않습니다. 기업회계기준서 제1032호 문단 33이 자기지분상품 거래 손익의 당기손익 인식을 막기 때문입니다. 반면 세무는 익금으로 보아 익금산입 3,000만 원(기타) 조정이 붙고, 과세표준 2억 원 초과 구간 20% 세율로 지방소득세까지 660만 원이 나옵니다. 이 세금은 제1012호 문단 61A에 따라 자본에서 직접 차감되므로 실제 자본 증가는 2,340만 원에 그칩니다.

개정안은 법인세법 제17조 제1항 익금불산입 목록에 처분이익을 추가합니다. 세무조정 한 줄과 660만 원이 사라지고 자본은 3,000만 원 그대로 늘어납니다. 다만 제20조 손금불산입 목록에 처분손실도 추가되므로, 손실 상태의 자기주식은 2027년 1월 1일 전후 어디서 처분하느냐가 곧 세금 차이입니다. 소각은 이미 자본거래여서, 이번 개편이 손대는 것은 처분입니다.

주주 쪽은 반대입니다 — 양도소득세가 배당 원천징수로

주주 과세는 취득 목적에 따라 갈렸습니다. 소각 목적이면 의제배당(소득세법 제17조 제2항 제1호), 처분 목적이면 양도소득이었습니다(제94조 제1항 제3호). 개정안은 목적과 관계없이 법인이 주주로부터 자기주식등을 취득하면 취득가액 초과분을 의제배당으로 봅니다. 예외는 증권시장을 통한 취득뿐이라 비상장 스타트업은 쓸 수 없습니다.

A사에서 퇴사한 공동창업자 B가 액면가 500원에 취득한 1만 주(500만 원)를 A사가 주당 5,000원(5,000만 원)에 사들이면 차액은 4,500만 원입니다. B는 비상장 대주주가 아니고 A사는 중소기업입니다. 현행에서 처분 목적 취득이라면 기본공제 250만 원을 뺀 4,250만 원에 세율 10%가 적용되어 지방소득세까지 467만 5천 원이지만, 개정안대로면 배당소득이 되어 원천징수 14%로 지방소득세 포함 693만 원, 원천징수 단계에서만 225만 5천 원이 늘어납니다.

4,500만 원은 금융소득 종합과세 기준 2,000만 원을 넘습니다. B의 한계세율이 38%라면 최종 부담은 1,353만 원, 세후로 남는 돈은 885만 5천 원 줄어듭니다. 배당가산과 수입배당금 익금불산입은 이익소각 목적 취득분에만 남고, 귀속시기도 대금 지급일이 됩니다.

불균등하게 되사주면 부당행위계산과 증여세가 함께 붙습니다

조세회피 방지 장치도 있습니다. 법인세법 시행령 제88조 제1항의 부당행위계산 유형과 상속세 및 증여세법 제39조·제39조의2의 증여 예시에 불균등 자기주식등 취득·처분이 추가됩니다. A사가 B의 주식만 8,000원에 사주고 다른 주주에게 기회를 주지 않았다면, 차액 3,000만 원이 분여된 이익으로 다투어질 수 있습니다.

기준 시점이 다른 점이 실무 쟁점입니다. 주주 의제배당은 취득 분부터, 법인 처분손익은 처분 분부터라서 2026년 취득·2027년 처분 자기주식은 주주는 종전, 법인은 개정 규정으로 갈립니다. 시행 전부터 보유하던 자기주식은 개정 상법 부칙상 2027년 9월 6일까지 소각해야 하므로 상법 일정이 먼저 옵니다.

정리해보면

A사는 처분하는 쪽에서 법인세·지방소득세 660만 원을 아끼지만, 주주 B는 최소 225만 5천 원을 더 부담합니다. 주주 지분 정리를 앞둔 회사라면 이 차액이 협상 테이블에 오를 숫자입니다.

확인할 날짜는 셋입니다. 주주 과세를 가르는 취득일, 법인 과세를 가르는 처분일, 의제배당 귀속시기를 정하는 대금 지급일입니다. 이 글은 2026년 8월 3일 정부안 기준으로, 국회 심의에서 달라질 수 있습니다.

— 보유 중인 자기주식이 이익 상태인지 손실 상태인지 확인하고, 2026년 처분과 2027년 처분의 법인세 효과를 비교할 것

— 주주로부터 자기주식을 취득할 계획이라면 2026년 12월 31일 이전 취득분에 종전 규정이 적용되는 경과조치를 확인할 것

— 의제배당 귀속시기가 대금 지급일로 정해지므로 계약일과 지급일이 연도를 걸치지 않는지 점검할 것

— 특정 주주만 대상으로 한 취득·처분은 부당행위계산 부인과 증여세 대상이 될 수 있으므로 균등 여부와 가격 근거를 남길 것

— 시행 전부터 보유하던 자기주식은 부칙상 2027년 9월 6일까지 소각해야 하므로, 세제개편안 적용시기보다 이 날짜를 먼저 달력에 표시할 것

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