손자회사를 자회사로 올리기: 완전자본잠식 지분 무상이전, 세금은 정말 0원일까?

A가 B를, B가 C를 지배하는 3단 구조를 정리할 때 완전자본잠식 손자회사 지분을 위 회사로 무상이전하면 끝이라고 생각하기 쉽습니다. 그러나 실무에서는 회계보다 세무, 특히 특수관계자 거래의 부당행위계산부인이 발목을 잡습니다. 시가가 정말 0원인지가 전부입니다.

— 완전자본잠식 손자회사 지분의 무상이전은 회계상 부담은 작고, 세무상 시가 판정이 전부입니다.

— 시가가 불분명하면 상증법 보충적 평가액(순손익·순자산가치 3:2 가중평균)을 시가로 보아 부당행위계산부인을 판단합니다.

— 완전자본잠식이어도 순손익가치가 양수면 평가액이 0이 아닐 수 있어, 무조건 무과세라고 단정하면 안 됩니다.

A-B-C 3단 구조, 손자회사 C를 A 바로 밑으로

상황은 이렇습니다. 당사는 일반기업회계기준을 적용하는 중소기업이고, 현재 A가 B를, B가 C를 지배하는 A-B-C 3단 구조입니다. 이를 A가 B와 C를 각각 직접 지배하는 A-(B,C) 구조로 바꾸려 합니다. 방법은 중간 회사 B가 보유한 C 지분을 최상위 회사 A에게 무상이전하는 것입니다.

문제는 C가 완전자본잠식이라는 점입니다. 이해를 돕기 위한 가상의 예시로, C의 자본금은 10억원인데 누적결손으로 자본총계가 -3억원이 된 완전자본잠식 상태이고, B의 장부에는 C 투자주식이 손상차손을 거쳐 이미 0원에 가깝게 남아 있다고 하겠습니다. 질문의 핵심은 둘입니다. 가치가 거의 없는 지분을 무상이전해도 세금 문제가 없을지, 그리고 더 나은 방법은 없을지입니다.

'회계는 괜찮은데 세무가 걸린다'는 말의 정체

먼저 회계입니다. B는 완전자본잠식인 C 투자주식을 이미 손상차손으로 0원 가까이 감액해 두었으므로, 무상이전(처분)해도 별도재무제표에서 인식할 처분손익은 크지 않습니다. A가 연결재무제표를 작성한다면 C는 이전 전에도 이미 연결범위에 있으므로, 지분이 B 밑에서 A 밑으로 옮겨가도 연결 순자산과 연결당기손익은 사실상 변동이 없습니다.

걸리는 것은 세무입니다. A와 B는 특수관계자입니다. 대가 없이 자산을 넘기는 무상이전은, 세법이 '만약 팔았다면 얼마였을지'를 따져 그 시가로 거래한 것처럼 보는 부당행위계산부인의 대상이 될 수 있습니다. 결국 열쇠는 하나, 'C 지분의 시가가 정말 0원인가'입니다. 지분을 옮기는 방법도 무상이전 외에 현물배당, 유상양도가 있어 아래 표로 비교했습니다.

근거: 법인세법 제52조·시행령 제88조(부당행위계산부인) · 법인세법 시행령 제89조(시가)

핵심은 상증법 평가액과 부당행위계산부인

비상장주식은 거래된 시가를 찾기 어려워, 시가가 불분명하면 세법은 상증세법 보충적 평가액을 시가로 봅니다(법인세법 시행령 제89조). 보충적 평가는 원칙적으로 1주당 순손익가치와 순자산가치를 3:2로 가중평균하며(상증세법 제63조, 시행령 제54조·제55조), 1주당 최근 3년 순손익액 계산은 상증세법 시행령 제56조를 따릅니다.

C처럼 완전자본잠식이면 순자산가치는 음수여서 0으로 봅니다. 여기에 순손익가치까지 (-)라면 1주당 평가액은 0원이 되어, 무상이전을 해도 B에 익금으로 잡힐 금액도 A의 자산수증이익도 0원입니다. 앞의 예시로 보면 B는 장부가 0원 지분을 처분해 당기손익 영향 0원, A는 취득가액 0원으로 계상해 자산·자본 변동 0원이 됩니다.

가장 흔한 실수는 '완전자본잠식이니 상증 평가액도 당연히 0'이라고 단정하는 것입니다. 순자산가치가 음수여도 최근 3년 순손익이 흑자로 돌아섰다면 순손익가치가 양수로 잡혀, 평가액이 0원이 아닐 수 있습니다. 예컨대 평가액이 총 10억원으로 산출되면, 무상이전 순간 B에는 처분이익 10억원이 익금으로, A에는 10억원의 자산수증이익으로 과세될 수 있습니다. 법인세율을 약 20%로 가정하면 B와 A 각각 약 2억원의 법인세가 늘어 당기순이익이 그만큼 줄어듭니다(A의 자산수증이익은 이월결손금 보전에 충당하면 익금에서 제외될 수 있습니다).

정리해보면

A-B-C 구조에서 손자회사를 자회사로 올리는 무상이전은 A·B 간 특수관계자 거래로 부당행위계산부인 대상이 될 수 있습니다. 회계상 별도 처분손익은 작고 C가 이미 연결에 포함돼 있으면 연결 영향도 사실상 없지만, 세무 핵심은 C 지분의 시가이며 시가가 불분명하면 상증법 보충적 평가액(순손익·순자산가치 3:2)을 시가로 봅니다.

완전자본잠식이어도 순손익가치가 양수면 평가액이 0이 아닐 수 있으니, 실행 전 반드시 C의 최근 3개 사업연도 손익과 순자산을 근거로 1주당 보충적 평가액을 먼저 산출해 시가가 0원인지 확인하고 그 산출근거를 문서로 남겨두는 것이 안전합니다. 구조 변경 자체보다 시가 입증이 사후 세무리스크를 좌우합니다.

— 보충적 평가 선산출 — C의 상증법 1주당 평가액을 최근 3년 순손익·순자산 기준으로 먼저 계산한다.

— 순손익가치 확인 — 순자산가치뿐 아니라 흑자 전환 여부까지 반영해 시가가 정말 0원인지 점검한다.

— 대안 비교 — 무상이전 대신 현물배당·유상양도의 세부담을 함께 저울질한다.

— 연결 영향 점검 — A의 연결재무제표 작성 대상 여부와 이전에 따른 연결 영향(무영향 여부)을 확인한다.

— 근거 문서화 — 평가액 산출근거와 이전 방식 선택 사유를 문서로 남긴다.

기준일  2026-07-02

검토자  창의회계법인 회계·세무 자문팀

근거  법인세법 제52조·시행령 제88조·제89조, 상속세및증여세법 제63조·시행령 제54조·제55조·제56조, 일반기업회계기준(2026년 기준)

유의사항  본 글은 일반적인 정보 제공을 위한 것으로 특정 거래에 대한 회계·세무 자문이 아닙니다. 실제 적용은 회사별 사실관계와 최신 법령에 따라 달라질 수 있으므로 실행 전 반드시 전문가 검토를 받으시기 바랍니다.

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