[일본 법인 설립] 주식회사 합동회사 차이와 일본 지점 설립 비용, 등록면허세 15만·6만·9만 엔

일본 진출을 앞둔 대표님이 가장 먼저 받는 질문은 "법인을 세울까, 지점으로 갈까"입니다. 흔히 쓰는 형태는 주식회사(株式会社, KK), 합동회사(合同会社, GK), 한국 본사가 직접 등기하는 지점(외국회사 등기) 세 가지이고, 설립 때 드는 등록면허세와 정관 인증 비용부터 일본에서 누가 납세자가 되는지, 이익을 한국으로 가져올 때 어떤 세금이 붙는지가 갈립니다. 일본 법령·국세청·법무성 자료와 한국 법령(2026년 10월 확인 기준)을 놓고, 자본금 1,000만 엔으로 세 형태를 각각 세우는 가정 예시까지 숫자를 맞춰 정리했습니다.

KK와 GK는 일본 회사법상 법인이라 일본 내국법인으로 법인세를 내고, 지점은 한국 본사가 고정사업장을 가진 외국법인으로 지점 귀속소득에 일본 법인세를 냅니다. 등록면허세는 KK 자본금의 0.7%(최저 15만 엔), GK 0.7%(최저 6만 엔), 지점은 영업소 1곳당 9만 엔(영업소 없이 대표자만 등기하면 6만 엔)이고, 정관 공증인 인증은 KK만 필요합니다. 자회사 배당은 한·일 조약상 5%(의결권 주식 25% 이상·6개월) 또는 15% 원천징수 후 한국에서 95% 익금불산입·외국납부세액공제 배제, 지점 소득은 매년 한국 본사 과세표준에 들어가고 외국납부세액공제를 받습니다.

일본 법인 설립 형태, KK·GK는 일본 회사이고 지점은 한국 본사가 직접 납세자

일본 회사법 제2조는 회사를 주식회사·합명회사·합자회사·합동회사로 정하고 제3조는 "회사는 법인으로 한다"고 적습니다. 그래서 KK와 GK는 法人税法상 내국법인으로 같은 법 제4조에 따라 법인세를 내고, 한국 모회사는 배당을 받을 때 한국에서 처리합니다.

지점은 별도 법인이 아니라 한국 회사가 외국회사 등기를 한 것입니다. 한국 본사가 고정사업장(지점) 귀속소득에 일본 법인세를 내고, 같은 소득이 한국 본사 과세표준에도 들어가 외국납부세액공제로 조정합니다.

근거: 会社法 제2조·제3조, 法人税法 제4조

일본 법인 설립 비용, 등록면허세 0.7%와 최저액, 정관 인증은 주식회사만

KK와 GK는 같은 0.7% 세율이지만 최저액이 다르고, 지점은 자본금과 관계없이 등기 건수·영업소 수로 정액을 냅니다. 정관은 회사법 제30조에 따라 KK만 공증인 인증을 받아야 효력이 생기고, GK 정관은 인증이 필요 없다고 법무성이 안내합니다. 종이 정관 인지세 4만 엔은 회사 설립 때 작성하는 정관 원본에 매기는 것이라 GK에도 해당합니다.

근거: 登録免許税法 별표 제1 제24호, 国税庁 タックスアンサー No.7191, 会社法 제30조·제575조·제933조, 公証人手数料令 제35조, 印紙税法 별표 제1 제6호, 法務省 「合同会社の設立手続について」, 法務局 외국회사 등기 신청서 기재례

합동회사 뜻과 과세, GK도 일본에서 법인세를 내고 한국에서는 외국법인 기준으로 판단

GK는 사원 전원이 유한책임사원인 회사로(회사법 제576조), 업무집행사원과 대표사원을 정관으로 정해 운영하고 출자자의 권리는 주식이 아니라 지분(持分)입니다. 미국 LLC처럼 현지 세금 없이 출자자에게 소득이 넘어가는 형태가 아니라, 일본에 본점을 둔 법인이라 法人税法 제2조 제3호의 내국법인이며 제4조에 따라 KK와 똑같이 법인세 납세의무자입니다. 같은 법 제2조 제14호도 "주주등"을 주주 또는 합동회사의 사원 등 법인의 출자자로 정합니다.

한국 법인세법 제2조 제3호는 외국법인을 "본점 또는 주사무소가 외국에 있는 단체(사업의 실질적 관리장소가 국내에 있지 아니하는 경우만 해당한다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 법인"으로 정하고(한국 본사에서 사실상 경영하면 실질적 관리장소 문제는 따로 봐야 합니다), 시행령 제2조 제2항은 설립된 국가의 법에 따라 법인격이 부여된 단체, 구성원이 유한책임사원으로만 구성된 단체 등을 듭니다. GK는 이 기준에 비추어 외국법인으로 판단될 여지가 큽니다. 다만 같은 조 제4항은 이 기준이 조세조약 적용 대상 판정에는 영향을 주지 않는다고 정하므로 조약 혜택은 조약 문언대로 따로 봐야 합니다.

근거: 会社法 제3조·제576조, 法人税法 제2조 제3호·제14호·제4조, 한국 법인세법 제2조 제3호, 같은 법 시행령 제2조 제2항·제4항

일본 지점 설립과 과세 범위, 고정사업장 귀속소득과 중소법인 특례 판단

지점의 일본 법인세는 法人税法 제138조 제1항 제1호의 고정사업장 귀속소득이 중심입니다. 지점이 한국 본사와 독립된 사업자라면 수행했을 기능, 사용하는 자산, 본점과의 내부거래 등을 고려해 계산하고, 제141조가 고정사업장이 있는 외국법인의 과세표준을 이 소득 등으로 정합니다.

중소법인 경감세율(소득 연 800만 엔 이하 부분)은 사업연도 말 자본금 1억 엔 이하 법인이 대상입니다. 자회사는 자기 자본금으로 보되, 국세청은 대법인(자본금 5억 엔 이상인 법인 등)이 완전지배(100% 보유)하는 보통법인을 제외한다고 안내합니다. 지점은 제143조 제2항의 자본금 기준도 한국 본사 기준으로 보이고, 같은 조 제5항은 대법인이 완전지배하는 외국법인을 제외합니다.

진출 형태별로 일본 법인세가 붙는 대상 (会社法·法人税法 기준)

근거: 法人税法 제2조 제12호의19·제138조·제141조·제143조, 国税庁 タックスアンサー No.5759, 한·일 조세조약 제5조 제2항. 세율 자체와 지방세 구조는 일본 법인세율 글에서 다룬 내용이라 여기서는 판단 기준만 짚었습니다.

주식회사 합동회사 차이와 지점까지, 일본 세금과 한국 법인세를 같은 기준으로 비교

KK·GK가 한국 모회사에 배당하면 일본에서 원천징수되고, 한·일 조세조약 제10조 제2항의 상한은 수익적 소유자인 법인이 이윤배분이 발생한 회계기간 종료 직전 6개월 동안 의결권 주식을 25% 이상 소유하면 5%, 그 밖에는 15%입니다.

한국 모회사가 외국자회사 지분 10% 이상을 배당기준일 현재 6개월 이상 직접 계속 보유하면 수입배당금의 95%를 익금불산입하고, 이 배당에는 외국납부세액공제를 적용하지 않습니다(제57조 제7항). 실제부담세액이 실제발생소득의 15% 이하인 특정외국법인 배당 등은 익금불산입에서 빠지는데, 일본 일반 법인세를 내는 자회사라면 통상 해당하지 않겠지만 단정하지 말고 확인해야 합니다. KK·GK 이익은 배당 전에는 한국에서 과세하지 않는 것이 원칙이지만, 국제조세조정에 관한 법률 제27조에 따라 특정외국법인의 유보소득을 배당받은 것으로 보는 경우는 예외입니다(제18조의4 제3항).

근거: 한·일 조세조약(1998년 서명, 1999년 발효) 제10조 제2항 — 개정의정서는 없고 2021년부터 다자협약(MLI) 주요목적기준이 함께 적용되지만 세율·요건은 그대로(財務省 적용관계 개요), 所得税法 제161조 제1항 제9호, 법인세법 제18조의4 제1항·제3항·제57조 제1항·제7항, 같은 법 시행령 제18조 제1항, 국제조세조정에 관한 법률 제27조

일본 법인 설립 자본금 1,000만 엔으로 KK·GK·지점을 세울 때(가정 예시)

(가정 예시) 한국 A사가 일본 판매 거점에 1,000만 엔을 넣습니다. KK·GK는 자본금 1,000만 엔(발기인·사원은 A사 1곳), 지점은 영업소 1곳에 운영자금 1,000만 엔입니다. 2년차에 일본 이익 중 500만 엔을 한국으로 가져오고, 일본 자회사는 실제부담세액이 실제발생소득의 15% 이하인 특정외국법인이 아니며, A사가 KK 의결권 주식 100%를 조약·한국 법인세법의 보유기간 요건을 채워 보유한다고 가정합니다.

KK 15만 + 5만 = 20만(종이 + 4만 = 24만), GK 7만(종이 + 4만 = 11만), 500만 × 5% = 25만, 500만 − 25만 = 475만, 500만 × 15% = 75만. 환율은 실제 거래일 기준으로 다시 계산해야 하며, 일본 지방세·한국 지방소득세를 넣지 않은 단순화입니다. 전자정관 기준으로 보면 GK(7만 엔)와 지점(9만 엔)이 KK(20만 엔)보다 싸지만 비용 차이는 수십만 엔 단위이고, 실제 판단은 배당·송금 단계에서 갈립니다.

일본 법인 설립 절차 전에, 형태를 고르는 대표가 확인할 다섯 가지

형태는 나중에 바꿀 수 있지만 다시 등기 비용과 세금 검토가 들므로 처음에 점검해 두면 좋습니다.

정리해보면

일본 진출 형태는 설립 비용보다 이익을 어떻게 한국으로 가져오고 손실을 어디서 소화할지가 더 큰 차이를 만들고, 조약 요건이나 한국 모회사 규모에 따라 결론이 바뀌므로 개별 상황은 전문가 검토를 받으시길 권합니다.

—납세자 — KK와 GK는 일본 회사법상 법인이라 일본 내국법인으로 법인세를 내고, 지점은 한국 본사가 고정사업장을 가진 외국법인으로 지점 귀속소득에 일본 법인세를 냄

—등록면허세 — KK 자본금의 0.7%(최저 15만 엔), GK 0.7%(최저 6만 엔), 지점은 영업소 1곳당 9만 엔(영업소 없이 대표자만 등기하면 6만 엔)

—정관 인증 — KK만 필요하고 수수료는 자본금에 따라 3만·4만·5만 엔, GK 정관은 인증이 필요 없음

—배당·송금 — 자회사 배당은 일본에서 원천징수되고 한·일 조약 상한은 의결권 주식 25% 이상·6개월 요건을 채우면 5%, 그 밖에는 15%. 지점의 본점 송금은 배당 원천징수 대상이 아님

—한국 처리 — 자회사 배당에는 95% 익금불산입(제18조의4)과 외국납부세액공제 배제(제57조 제7항), 지점 소득에는 과세표준 포함과 외국납부세액공제(제57조 제1항)

—가정 예시 — 자본금 1,000만 엔이면 설립 등기·인증 비용은 전자정관 기준 KK 20만 엔, GK 7만 엔, 지점 9만 엔(종이 정관이면 KK 24만 엔, GK 11만 엔)

창의회계법인은 스타트업과 중소기업을 위한 회계감사·세무 자문·M&A·IPO·밸류업 전문 회계법인입니다. 일본 진출을 준비하는 한국 스타트업과 함께 형태별 설립 비용, 배당·송금 세금, 한국 모회사의 익금불산입·외국납부세액공제 처리를 한 번에 비교해 드립니다.