일본 R&D 세액공제 — 시험연구비 공제율 산식과 법인세액 25% 한도, 한국 모회사가 바꾸는 결과

"한국처럼 일본 자회사도 연구개발비의 25%를 법인세에서 빼 주나요?" 일본에 개발 조직을 둔 한국 기업에서 자주 받는 질문입니다. 일본에도 연구개발 세제가 있지만 공제율이 연구비 증감에 따라 움직이고, 그 사업연도 법인세액의 25%라는 한도가 붙으며, 중소기업 제도를 쓸 수 있는지는 한국 모회사가 어떤 회사인지에 따라 갈립니다. 일본 국세청 タックスアンサー(2026년 4월 1일 현재 법령 기준)와 2026년 9월 18일 시행 조세특례제한법을 놓고(모두 2026년 10월 확인 기준) 공제율 산식·한도·한국 모회사 변수·한국 제도 비교·공제액 가정 예시를 차례로 살펴봅니다.

일본 R&D 세액공제는 청색신고 법인의 시험연구비에 공제율을 곱한 금액을 그 사업연도 법인세액에서 빼는 제도입니다. 일반형 공제율은 증감시험연구비비율에 따라 0%~14%로 움직이고, 중소기업자는 12%(최고 17%)를 쓸 수 있으며, 어느 쪽이든 공제액은 원칙적으로 조정 전 법인세액의 25%까지입니다. 일반형에는 이월이 없고, 중소기업 제도는 한도를 넘은 금액을 3년 이월하되 쓰는 해에도 당기 공제액과 합쳐 같은 한도 안에서만 공제됩니다. 한국 연구·인력개발비 세액공제는 중소기업 당기분 25%이고, 법인세액 비율 한도 대신 최저한세(중소기업 공제는 제외)와 10년 이월 구조입니다. 일본 자회사가 중소기업자인지는 한국 모회사의 규모·지분에 따라 달라질 수 있습니다.

일본 R&D 세액공제, 공제율은 연구비 증가에 따라 움직이고 법인세액 25%가 한도입니다

일본 국세청은 이 제도를 일반형(모든 청색신고 법인), 중소기업 기술기반강화세제(중소기업자 등), 오픈이노베이션형(대학·연구기관·스타트업과의 공동·위탁연구) 세 갈래로 안내합니다. 일반형과 중소기업 제도는 같은 사업연도에 함께 쓸 수 없고 둘 중 하나를 고릅니다.

대상 시험연구비는 제품 제조나 기술 개선·고안·발명을 위한 시험연구의 원재료비, 그 업무에 전념하는 전문 인력의 인건비, 경비, 위탁 연구비 등이고, 매출원가 등 원가 해당분과 그 비용에 충당하려고 다른 사람에게서 받는 금액은 뺍니다. 일본 자회사가 한국 모회사 의뢰로 개발 용역 대가를 받는 구조라면 이 부분부터 따져야 합니다.

근거: 国税庁 タックスアンサー No.5442 · No.5443 · No.5444 (令和8年4月1日現在法令等)

시험연구비 공제율 산식, 일반형 증감시험연구비비율과 중소기업 12%

일반형 공제율과 법인세액 한도

공제율은 연구비 증감(증감시험연구비비율)으로 정해지고 공제액은 법인세액 비율로 묶여, 같은 연구비를 써도 법인세를 얼마나 내는 해인가가 실제 공제액을 정하는 경우가 많습니다.

중소기업 기술기반강화세제와 3년 이월

한도를 넘어 공제하지 못한 금액은 3년간 이월할 수 있는데, 이월액을 쓰려는 해의 시험연구비가 비교시험연구비보다 많아야 하고 그해 일반형을 쓰면 안 됩니다. 2026년 4월 1일 이후 시작하는 사업연도에 생긴 미공제액부터 적용됩니다. 이월액은 쓰는 해의 당기 공제액과 합쳐 그해 조정 전 법인세액의 25%(가산 특례를 받으면 그 비율) 안에서만 공제되므로, 매년 한도를 꽉 채우는 회사는 이월액을 쓰지 못할 수 있습니다.

근거: 国税庁 タックスアンサー No.5442 · No.5443 · No.5444, 令和8年度 法人税関係法令の改正の概要(令和8年5月27日現在 법령) — 중소기업 이월(2026년 4월 1일 이후 시작 사업연도 발생분부터)

일본 법인세 공제가 막히는 경우, 한국 모회사 지분·국외 위탁·불적용 조치

1) 중소기업자 판정은 자회사 자본금만으로 정해지지 않습니다

중소기업자는 자본금 1억 엔 이하 법인이지만, 같은 "대규모법인"(자본금 1억 엔을 넘는 법인 등) 한 곳이 발행주식의 2분의 1 이상을, 또는 여러 대규모법인이 3분의 2 이상을 가지면 빠집니다. 한국 모회사의 자본금이 1억 엔 상당액을 넘으면 그 100% 자회사인 KK는 자본금이 작아도 중소기업자가 아닐 수 있습니다. 직전 3년 평균 소득이 15억 엔을 넘는 적용제외사업자도 빠집니다. 국세청 안내는 외국 모회사가 대규모법인에 들어가는지와 엔 환산 시점을 밝히지 않아 현지 세무대리인과 확인할 사항입니다.

2) 한국 모회사에 맡긴 연구는 일부만 들어갑니다

계약으로 위탁한 시험연구가 국외에서 수행되면, 의약품 등의 임상시험을 빼고는 그 시험연구비의 50%만 공제 대상입니다. 경과 조치로 2026년 4월 1일~2027년 3월 31일 사이에 시작하는 사업연도는 70%, 2027년 4월 1일~2028년 3월 31일 사이는 60%입니다. 대가 수준 자체는 이전가격 문제로 따로 봐야 합니다.

3) 중소기업자가 아니면 불적용 조치를 먼저 통과해야 합니다

설립·합병 사업연도이거나 소득이 전기보다 늘어난 해에는 ① 계속고용자 급여 지급액이 전기보다 1% 이상 늘었거나 ② 국내 설비투자액이 감가상각비 총액의 30%를 넘어야 합니다. 하나라도 충족하면 되고, 둘 다 못 채우면 일반형·오픈이노베이션형을 쓸 수 없습니다(2026년 4월 1일 이후 시작하는 사업연도 기준).

자본금 10억 엔 이상이면서 종업원 1,000명 이상이거나 종업원이 2,000명을 넘는 법인으로서 전기 소득이 플러스인 경우 등은 2%·40%입니다. 근거: 国税庁 タックスアンサー No.5432 · No.5442 · No.5449

연구인력개발비 세액공제 최저한세·이월, 한국 조특법 제10조와 같은 기준 비교

한국 제10조 공제율 구간은 아래 표에 정리했고, 차이는 세 가지입니다. 첫째, 한국은 법인세액 비율 한도가 없고, 중소기업이 아닌 기업의 연구·인력개발비 세액공제에만 최저한세가 걸립니다. 둘째, 한국은 낼 세액이 없거나 최저한세에 걸려 공제받지 못한 금액을 10년 이월하는데, 일본은 일반형 이월이 없고 중소기업 제도만 3년입니다. 셋째, 한국 공제율은 기업 규모와 기술 유형으로, 일본 일반형 공제율은 연구비 증감으로 정해집니다.

일본 자회사가 쓴 비용은 내국인의 비용이 아니므로 한국 공제 대상이 아닙니다.

2027.4 이후 약 6.5%는 2026년도 세제개정으로 바뀐 산식에 따른 값입니다(아래 마지막 섹션 참고). 근거: 조세특례제한법 제10조 · 제132조 제1항 제3호 · 제144조 제1항, 같은 법 시행령 제9조 제14항 · 별표 6 (2026.9.18 시행본), 国税庁 タックスアンサー No.5442 · No.5444 · No.5449

시험연구비 1억 엔·법인세액 2,000만 엔이면 공제액은?(가정 예시) 연구인력개발비 세액공제 이월과 비교

한국 법인 K사의 100% 자회사인 3월 결산 일본 KK가 2026년 4월 1일 시작한 사업연도에 시험연구비 1억 엔을 썼습니다. 과거 3년 평균도 1억 엔(증감비율 0%), 평균 매출이 10억 엔 이상(시험연구비비율 10% 이하), 조정 전 법인세액 2,000만 엔이고, 국외 위탁분·벤처 가산은 없으며 환율은 100엔 = 900원으로 단순화했습니다.

경우 A(KK가 중소기업자, 예: K사가 대규모법인에 해당하지 않는 경우)의 이월액 700만 엔은 쓰는 해의 시험연구비가 비교시험연구비보다 많고 당기 공제액과 합쳐 25% 한도에 여유가 있을 때만 공제됩니다. 경우 B(K사 자본금이 1억 엔 상당액을 넘어 대규모법인으로 판정되는 경우)는 공제율이 11.5% − (12% − 0%) × 0.25 = 8.5%이고, 소득이 전기보다 늘어난 해라면 불적용 조치 요건을 충족했다는 전제입니다.

경우 B에서 시험연구비를 과거 평균보다 20% 늘렸다면 공제율은 11.5% + (20% − 12%) × 0.375 = 14.5%에서 상한 14%로 묶이고, 한도는 25%에 (20% − 4%) × 0.625 = 10%를 최대 5%로 줄여 더한 30%, 즉 600만 엔이 됩니다. 한국 열은 중소기업이 같은 9억 원을 일반연구·인력개발비로 쓰고 법인세 산출세액이 같은 1억 8,000만 원(2,000만 엔)이며 다른 공제·감면이 없다고 본 것으로, 비율 한도가 없고 중소기업이라 최저한세도 걸리지 않으므로(조세특례제한법 제132조 제1항 제3호) 1억 8,000만 원을 공제하고 남는 4,500만 원은 10년 이월됩니다(제144조 제1항).

일본 신고 점검, 명세서 첨부와 2027년 개정

3월 결산 KK라면 바로 다음 사업연도부터입니다. 세제개정대강의 중점 산업기술 40% 공제(법인세액 10% 한도, 3년 이월) 신설은 산업기술력강화법 개정을 전제로 하고 2026년 5월 27일 현재 관련 정령이 공포되지 않아, 적용 시기를 따로 확인해야 합니다.

중점 산업기술은 AI·첨단로봇·양자·반도체·바이오·우주 등 연구계획을 인정받은 법인 대상입니다. 근거: 国税庁 令和8年度 法人税関係法令の改正の概要(令和8年5月27日現在 법령), 財務省 令和8年度税制改正の大綱(2025년 12월 26일 각의결정), 国税庁 タックスアンサー No.5442 · No.5444

정리해보면

일본 자회사의 R&D 세액공제는 공제율보다 법인세액 한도와 한국 모회사 지분 구조에서 먼저 결과가 갈리므로, 사업연도 시작 시점에 맞는 산식을 확인하시기 바랍니다.

—일반형 — 증감시험연구비비율에 따라 0%~14%(2026.4~2027.3 시작 사업연도는 증감 0%이면 8.5%), 공제액은 조정 전 법인세액의 25% ± 가감까지이며 이월 없음

—중소기업자 — 기술기반강화세제 12%(최고 17%), 한도 초과액은 2026년도 개정으로 3년 이월 가능하지만 쓰는 해에도 당기 공제액과 합쳐 법인세액 25%(가산 시 그 비율) 안에서만 공제. 오픈이노베이션형은 30%/25%/20%에 별도 10% 한도

—한국 모회사 변수 — 대규모법인이 2분의 1 이상을 가지면 KK는 자본금이 작아도 중소기업자가 아닐 수 있고, 국외 위탁 연구비는 70%(2026.4~2027.3 개시 사업연도)만 반영

—한국 조특법 제10조 — 중소기업 당기분 25%, 법인세액 비율 한도 없이 10년 이월(제144조 제1항), 중소기업 공제에는 최저한세 미적용(제132조 제1항 제3호)

—가정 예시 — 연구비 1억 엔·법인세액 2,000만 엔이면 일본은 두 경우 모두 올해 500만 엔(4,500만 원) 공제, 한국 중소기업은 1억 8,000만 원 공제

창의회계법인은 스타트업과 중소기업을 위한 회계감사·세무 자문·M&A·IPO·밸류업 전문 회계법인입니다. 일본 법인을 둔 한국 기업의 연구개발 세제와 한국 연구·인력개발비 세액공제를 함께 검토해, 중소기업자 판정·국외 위탁 비율·불적용 조치까지 연간 계획 단계에서 점검해 드립니다.