가공세금계산서 가산세, 용역 세금계산서 3%→4% — 산출물 증빙이 없으면 공급이 부인될 수 있다

억 단위 개발용역을 수주하는 스타트업이 늘면서, 대금을 받고 세금계산서를 끊은 뒤 몇 년 지나 "실제로 공급했다는 증거가 있느냐"는 질문을 받는 일이 생깁니다. VR 모델하우스 개발용역 세금계산서 16억 8,000만 원의 공급을 부인한 수원지법 2025구합61724를 바탕으로 가산세율, 입증책임, 법원의 판단기준, 발행 전 점검 순서를 정리합니다.

용역을 공급하지 않고 세금계산서를 발급하면 발급한 쪽에도 공급가액의 4%(2025년 이전 발급분 3%) 가산세가 붙습니다(부가가치세법 제60조 제3항 제1호). 과세관청이 가공거래를 상당한 정도로 증명하면 실제 공급 사실은 납세자가 증명해야 하고, 대금 수령과 범용 시연만으로는 부족합니다. 계약상 결과물의 인도·검수 기록이 유일한 방어 수단입니다.

발급한 쪽도 공급가액의 3%, 2026년부터는 4%

가공세금계산서는 흔히 받는 회사의 문제로 여겨지지만, 부가가치세법 제60조 제3항 제1호는 공급하지 않고 발급한 쪽에, 제2호는 공급받지 않고 발급받은 쪽에 같은 비율의 가산세를 매깁니다. 2025년 12월 23일 개정(법률 제21218호)으로 비율이 3%에서 4%로 올랐고 2026년 1월 1일부터 시행됩니다. 가공거래는 주고받은 양쪽이 모두 가산세 대상이며, 대금을 전부 받았더라도 결과물을 넘겼다는 자료가 없으면 세무서가 여러 정황으로 가공거래를 증명할 때 반박할 수단이 사라집니다.

판결 사건은 2024년 10월 개정 전 법에 따라 16억 8,000만 원 × 3% = 5,040만 원이 부과됐습니다. 2025년 이전 발급분은 2026년 이후 경정하더라도 부칙 제3조에 따라 3%가 적용되고, 비사업자도 제4항에 따라 같은 비율로 징수됩니다.

근거: 부가가치세법 제60조 제3항 · 제4항(2025.12.23. 법률 제21218호 개정, 2026.1.1. 시행), 같은 법 부칙 제3조

입증책임 — 과세관청이 상당한 정도로 증명하면 넘어오는 몫

과세요건은 원칙적으로 과세관청이 증명합니다. 다만 판결은 대법원 2007두1439, 2010두11108을 인용해, 세금계산서가 허위로 작성됐다는 점이 상당한 정도로 증명되면 실제 거래 사실은 장부와 증빙을 제시하기 쉬운 납세자가 증명해야 한다고 정리했습니다.

택배 분쟁에서 송장번호를 내밀어야 하는 쪽이 판매자인 것과 같습니다. 개발용역의 송장번호는 소스코드 인도 기록, 산출물 보고서, 검수확인서입니다. 이 사건은 수취측 리조트 운영사가 2022년 11월 먼저 경정 고지를 받았고(서울고법 2025누7017 항소기각), 개발사 가산세는 2024년 10월에 부과됐습니다. 수원지법 판결의 항소 여부는 확인되지 않은 하급심 판단입니다.

법원이 공급을 부인한 세 가지 판단기준

개발사는 기존 메타버스 플랫폼을 넘기고 시연했으며 대금도 모두 받았다고 주장했지만, 법원은 증빙 부재 하나가 아니라 여러 정황을 함께 봤습니다.

① 계약이 정한 결과물

계약서는 결과물을 "소스코드 일체, 보고서, 서면 가이드"로 정했습니다. 법원은 기존 플랫폼 구매 문구를 개발의 기초 투입으로 읽었을 뿐 매매로 보지 않아, 플랫폼을 넘겼어도 계약상 결과물을 인도한 것은 아니라고 판단했습니다.

② 이행 가능성과 인도 자료

발주처가 줘야 할 캐릭터·맵·구조 데이터를 받은 자료가 없었고, 계약이 예정한 검수 서면도 없었습니다. 대표는 완성품과 이메일 등 용역 자료를 보관하지 않았다는 취지로 진술했습니다. 법원은 업데이트를 예정했다면서 자료를 하나도 남기지 않은 것은 납득하기 어렵다고 봤습니다.

③ 대금 지급과 시연의 이례성

2018년에 만든 기존 플랫폼을 검증 없이 16억 원이 넘는 금액에 사들여 전액 지급한 것은 이례적이라고 봤고, 시연 영상도 범용 실내·캐릭터 영상이라 대상 단지와 맞지 않았습니다. 관계자 진술 역시 "100% 개발이 완료된 것은 아니지만 발주처 사정으로 구현하지 못해 대금을 지급했다"는 취지였습니다.

3억 원 개발용역이 부인되면 — 양쪽의 부담(가정 예시)

SW 스타트업 A사가 2026년 3월 B사에 공급가액 3억 원, 부가가치세 3,000만 원의 세금계산서를 발급하고 대금을 모두 받았지만, 인도·검수 기록이 없어 공급이 부인됐다고 가정합니다. 받는 쪽은 매입세액 불공제(제39조 제1항 제2호)에 과소신고가산세와 납부지연가산세까지 부담합니다.

근거: 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 · 제60조 제3항, 국세기본법 제47조의3 · 제47조의4 (가정 예시)

A사는 매출세액 3,000만 원 감액과 가산세 1,200만 원이 상계돼 1,800만 원을 환급받지만, B사가 공제받지 못한 3,000만 원의 반환을 청구하면 결국 가산세 1,200만 원만큼 현금이 유출됩니다. 가산세는 법인세법 제21조 제1호에 따라 손금불산입이라 법인세 절감도 없습니다.

회계상으로도 수행의무를 이행하지 않았으므로 받은 3억 원은 계약부채 성격이고, 인식한 매출은 전기오류가 됩니다. K-IFRS 회사는 기업회계기준서 제1008호에 따라 소급 재작성하고, 일반기업회계기준 회사는 제5장에 따라 중대하지 않으면 전기오류수정손실로 처리합니다. 어느 쪽이든 이익잉여금은 가산세와 합쳐 3억 1,200만 원(법인세 효과 전) 줄어듭니다. 형사 책임은 조세범 처벌법 제10조 제3항에 따라 별도로 판단됩니다.

정리해보면

대금이 들어왔다는 사실은 공급의 증거가 아닙니다. 계약서가 정한 결과물을 정한 형식으로 발주처가 받아 봤다는 기록이 있어야 가공거래 의심에 반박할 수 있습니다. 기존 솔루션을 커스터마이징해 납품하는 계약이라면 이전분과 신규 개발분을 나눠 적고 인도·검수 기록을 남기는 것부터 점검하세요. 자료는 개발 PC 교체나 담당자 퇴사와 무관하게 부과제척기간 동안 회사 서버에 보관해야 합니다.

—이전분·신규분 분리 — 기존 솔루션 라이선스와 신규 개발의 인도 형식·금액을 계약서에 따로 기재

—발주처 자료 수령 기록 — 데이터·디자인·요구사항을 받은 날짜를 메일이나 저장소로 남김

—중간 산출물 — 설계서, 화면 설계, 회의록, 진행 보고를 날짜와 함께 보관

—인도·검수 기록 — 저장소 이관 내역, 전달 메일, 인수증, 검수확인서와 하자보수 내역

—부과제척기간 보관 — 원칙 5년, 부정행위로 제60조 제3항 가산세 대상이면 10년간 회사 서버·클라우드에 보관

창의회계법인은 스타트업과 중소기업을 위한 회계감사·세무 자문·M&A·IPO·밸류업 전문 회계법인입니다. 성장 단계별 맞춤 재무 전략 설계부터 실행까지, 함께 갑니다.