소득금액변동통지 불복, 원천징수 대납·가지급금 대손 처리 후 원천세 반환 청구가 기각된 이유(2026가단32639)

공동창업자 지분을 회사가 사들여 정리하려는 스타트업 대표와 재무담당자를 위한 글입니다. 주주 대신 낸 원천세를 대여금으로 두었다가 대손 처리한 회사가, 주주들의 종합소득세는 취소됐는데도 자신이 낸 세금 4억 4,728만 원은 돌려받지 못한 부산지방법원 판결을 따라가며 회사가 챙길 기한과 점검 사항을 정리합니다.

소득금액변동통지를 받은 날 회사의 원천징수 납세의무가 성립·확정되므로, 통지 자체를 기한 안에 다퉈 취소받지 못하면 당연무효가 아닌 한 낸 원천세는 부당이득이 아닙니다. 부산지방법원 2026가단32639 판결은 주주 대여금 대손을 업무무관 가지급금으로 보아 기타소득으로 처분한 사안에서, 하자가 있더라도 명백하지 않아 취소사유에 그친다며 A사의 447,285,450원 반환 청구를 기각했습니다. 귀속자(주주)가 이겨도 회사 몫의 처분은 회사가 90일 안에 직접 다퉈야 합니다.

소득금액변동통지, 기한 안에 다투지 못하면 낸 원천세는 돌려받기 어렵다

친구 택시비를 대신 긁어 준 영수증을 떠올려 보면 됩니다. 들고 있는 동안은 받을 돈이지만, 포기하는 순간 세법은 돈의 행방을 따져 받은 사람 몫의 세금을 회사에 다시 청구합니다.

소득금액변동통지는 세무서가 법인세를 결정·경정하며 익금산입액을 배당·상여·기타소득으로 처분했을 때 법인에 보내는 문서로, 결정·경정일부터 15일 안에 보냅니다(소득세법 시행령 제192조 제1항). 기타소득 처분액은 소득세법 제21조 제1항 제20호의 기타소득이 되고, 제145조의2가 제131조 제2항을 준용해 통지서를 받은 날 지급한 것으로 봅니다.

판결은 회사가 낸 세금의 법률상 원인이 통지이고 납부고지는 징수처분일 뿐이라고 보아(대법원 2009두14439 인용), 통지가 취소되지도 당연무효도 아닌 이상 4억 4,728만 5,450원은 부당이득이 아니라고 판단했습니다.

원천징수 대납이 대여금으로 남았다가 대손 처리되기까지

A사는 자기주식 매입 대금에 부과된 배당소득세를 주주들에게서 떼지 않고 스스로 낸 뒤 단기대여금(구상권)으로 올렸습니다. 이후 "향후 일체의 청구를 하지 않겠다"는 확약서를 써 주었고, 대여금 반환 소송은 부제소특약을 이유로 각하됐습니다. 문제는 그 뒤 장부에서 대여금을 지운 처리였습니다.

근거: 부산지방법원 2026가단32639 판결 사실관계 (금액은 판결 금액)

가지급금 대손 처리 — 특수관계인 대여금이면 손금불산입과 소득처분

회수할 수 없는 채권은 원칙적으로 손금이지만(법인세법 제19조의2 제1항), 같은 조 제2항 제2호는 특수관계인에게 업무와 관련 없이 지급한 가지급금을 대손금 손금산입 대상에서 뺍니다. 세무서는 주주 대여금을 여기에 해당한다고 보아 손금에 넣지 않고, 대여금과 인정이자 상당액을 모두 기타소득으로 처분했습니다.

귀속자에 따라 처분은 달라집니다. 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호에 따라 임원·직원이 아닌 주주면 배당, 임원·직원이면 상여, 그 밖의 자면 기타소득이며, 법인·사업자의 사업소득 등을 구성하면 기타사외유출로 통지와 원천징수가 없습니다. 기타소득 원천징수세율은 20%(소득세법 제129조 제1항 제6호 라목)로, 2019년 귀속 기타소득세 427,133,670원을 역산하면 처분 금액은 약 21억 원으로 추정됩니다.

주주는 이기고 회사는 진 이유 — 당연무효와 취소사유

A사는 면제 시점이 확약서를 쓴 2014년이라 주주 소득세의 부과제척기간이 지났다고 주장했고, 조세심판원도 주주들의 2018·2019년 귀속 종합소득세를 취소했습니다(조심 2024소4622 등). 그러나 A사 몫의 심판청구는 기각됐고(조심 2023부7803), 통지 취소 소송은 각하됐으며(부산지법 2024구합21271), 경정청구 뒤 심판청구도 기각됐습니다(조심 2026부943).

남은 민사 부당이득 청구에서 법원은 당연무효는 하자가 중대하고 명백해야 하고(대법원 94누4615 전원합의체), 사실관계를 조사해야 밝혀지는 하자는 명백하지 않다(대법원 2013두18551)는 판례를 인용했습니다.

근거는 네 가지였습니다. 회사 스스로 2018.1.16.자로 대손 처리한 장부, 대여금을 명시하지 않은 확약서 문언, 채권 소멸을 판단하지 않은 대전지법·대전고법 판결, 제척기간 도과를 판단하지 않은 심판 결정입니다. 통지가 위법하더라도 명백하지 않아 취소사유에 그친다는 결론입니다.

공동창업자 지분 매입에서 원천세를 빠뜨리면(가정 예시)

스타트업 A사가 소각 목적으로 특수관계인인 공동창업자 B씨(임원·직원 아님)의 지분을 2억 1,000만 원에 사들인다고 가정합니다. B씨 취득가액 1,000만 원을 넘는 2억 원은 의제배당이고(소득세법 제17조 제2항 제1호), 원천징수세율 14%를 적용하면 A사가 뗄 소득세는 2,800만 원입니다(지방소득세 별도).

근거: 소득세법 제17조 제2항 제1호 · 제129조 제1항 제2호 나목·제6호 라목, 국세기본법 제47조의5, 법인세법 제19조의2 제2항 제2호 · 제21조 제1호, 법인세법 시행령 제106조 (가정 예시, 지방소득세·법인세 가산세 제외)

②는 3%에 하루 0.022%씩 더해져 730일이면 19.06%지만 한도 10%에서 멈추고 손금불산입입니다. ④는 먼저 아낀 법인세를 되돌려 내는 것이라 순증이 없습니다. 원천징수를 했다면 자기주식 2억 1,000만 원이 자본에서 차감될 뿐이지만, 빠뜨리면 B씨 몫 세금 2,800만 원이 회사 부담 3,640만 원 이상으로 불어납니다.

정리해보면

소득금액변동통지를 받은 날 원천징수 납세의무가 확정되고, 통지가 취소되지 않고 당연무효도 아니면 낸 세금은 돌려받기 어렵습니다. 주주들이 이겨도 회사 몫의 통지는 남았습니다. 통지서를 받으면 90일 안에 심사·심판청구, 다음 달 10일까지 원천세 납부를 챙기고, 가장 싼 해결책은 지분 매입 대가를 지급하기 전에 소득 구분을 확인해 처음부터 원천징수를 하는 것입니다.

—불복 기한 — 통지를 받은 날부터 90일 안에 심사·심판청구(국세기본법 제61조 제1항·제68조 제1항), 행정소송은 결정 통지일부터 90일 안

—납부 기한 — 통지서 수령일이 지급일로 의제되어 다음 달 10일까지 납부, 다투더라도 미납하면 가산세

—귀속자 쪽과 분리 — 주주·임원의 불복 결과를 기다리지 말고 회사 사건을 따로 진행

—합의서 문언 — 채권 포기·부제소 합의 시 어떤 채권을 언제 면제하는지 명시

—대손 처리 전 검토 — 특수관계인 대여금·구상채권은 업무무관 가지급금 해당 여부와 소득처분 가능성부터 확인

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