[인지세 대상] 용역계약서 인지세 금액·납부, 출연기관 계약도 낼까? (서면-2026-법규부가-0379)

공공기관이나 지자체 산하 재단에서 SW 개발·콘텐츠 제작·행사 운영 용역을 수주하는 스타트업이 늘면서 "수입인지 붙이셨나요?"라는 질문을 받는 일이 잦아졌습니다. 국세청이 2026년 9월 공개한 질의회신을 바탕으로 과세 범위, 금액표, 통수, 가산세, 회계처리까지 정리합니다.

지자체 출연기관이 지방계약법을 준용해 그에 따라 작성하는 도급문서는 인지세 과세대상이며(서면-2026-법규부가-0379), 계약금액이 1천만 원을 넘으면 1통당 2만~35만 원을 냅니다. 지자체와 직접 계약하면 인지세법 제7조에 따라 지자체 보관본 1통만 과세되지만, 출연 재단은 "국가 등"이 아니어서 종이 원본 2부 모두 과세될 수 있습니다. 기한을 넘기면 100~300% 가산세가 붙고, 인지세는 세금과공과로 비용 처리해 손금으로 인정됩니다.

지자체 출연기관과 맺은 용역계약서도 인지세 대상일까

인지세는 모든 계약서에 붙지 않습니다. 인지세법 제3조 제1항 중 용역계약과 관련된 항목은 제3호 "도급 또는 위임에 관한 증서 중 법률에 따라 작성하는 문서로서 대통령령으로 정하는 것" 하나뿐이어서, 민간 기업과 맺는 일반 용역계약서는 원칙적으로 대상이 아닙니다. 반면 시행령 제2조의3 제4호는 국가계약법 제11조 또는 지방계약법 제14조에 따라 작성하는 도급문서를 과세문서로 적고 있습니다.

애매한 것은 지자체 출연 재단입니다. 지방출자출연법 시행령 제12조의 준용 목록에 계약서 작성 조항인 지방계약법 제14조가 없어 비과세로 보는 시각도 있었습니다. 국세청은 출연기관이 같은 법 제17조와 시행령 제12조에 따라 지방계약법을 준용하므로 재단의 도급문서가 지방계약법에 따른 경우 과세대상이라고 회신했습니다(2026.9.17. 공개).

다만 시행령 제12조 제2항은 지자체 지원금이 총수입의 2분의 1 미만인 출연기관에는 준용을 적용하지 않고, 지자체가 기관장·이사 과반수 임명에 관여하거나 예산·사업계획을 승인하는 경우에만 다시 적용합니다. 상대 재단이 어디에 해당하는지부터 확인해야 합니다.

과세되는 도급문서와 빠지는 계약서

시행령 제2조의3은 과세 대상 문서를 하나씩 나열하므로, 목록에 없으면 금액이 커도 이 항목으로는 과세되지 않습니다. 스타트업이 자주 마주치는 계약만 추리면 아래와 같습니다.

근거: 인지세법 제3조 제1항 제3호, 인지세법 시행령 제2조의3, 서면-2026-법규부가-0379

함께 기억할 점이 두 가지 있습니다. 시행령은 공사업법에 따른 도급문서와 변호사·회계사·세무사 등 전문자격사의 수임계약서도 과세문서로 정하므로, 정보통신공사를 하는 IT 스타트업은 민간 계약이라도 정보통신공사업법 제26조에 따른 도급문서가 과세됩니다.

또 이 항목은 일의 완성을 약정하는 "도급"(기본통칙 3-2…17)과 "위임"이 대상입니다. 인지세법 제3조 제4항은 계약서 제목이 아니라 실질 내용으로 판단하라고 정하므로, 주문 제작처럼 일의 완성이 핵심인 물품계약은 따로 확인하는 편이 안전합니다.

납부 주체와 통수, 지자체는 1통·출연 재단은 2통

인지세는 계약서를 작성하는 자가 내고, 두 사람 이상이 함께 작성하면 연대하여 납부할 의무를 집니다(제1조). 과세문서는 1통마다 과세되므로(제3조 제2항) 원본 두 부를 나눠 가지면 원칙적으로 2통입니다.

국가·지자체가 작성하는 증서는 비과세이고(제6조 제1호), 제7조는 국가 등과 민간이 함께 작성한 문서 중 국가 등이 가지는 것은 민간이, 민간이 가지는 것은 국가 등이 작성한 것으로 봅니다. 그래서 지자체와 직접 계약하면 지자체 보관본 1통에만 인지세가 붙습니다.

출연 재단은 제7조의 "국가 등"에 들어가지 않고, 기본통칙 6-0…1도 지자체를 지방공무원이 근무하는 관서로 설명합니다. 조문대로면 재단 보관본과 스타트업 보관본 모두 과세되고 연대 납부의무가 생깁니다. 국세청 회신은 통수까지 다루지 않았으므로 이는 조문 해석이며, 전자계약은 통수 계산이 다를 수 있습니다.

인지세 금액과 가산세, 6,600만 원 계약 가정 예시

근거: 인지세법 제3조 제1항 제1호 세액표(제3호가 준용)

아래는 가정 예시입니다. 스타트업 A사가 출연 재단과 공급가액 6,000만 원, 부가가치세 600만 원, 계약금액 6,600만 원의 콘텐츠 제작 용역계약을 맺고 종이 원본을 한 부씩 보관합니다. 어느 금액으로 보든 1통당 7만 원이라 2통 합계 14만 원, 구청과 직접 계약했다면 7만 원입니다.

납부하지 않으면 국세기본법 제47조의4 제9항에 따라 미납세액의 300%가 가산세이고, 기한 후 3개월 이내 납부 시 100%, 6개월 이내 200%로 줄어듭니다. A사 보관본 7만 원을 3개월 안에 늦게 내면 총 14만 원, 6개월을 넘기면 28만 원입니다. 가산세는 법인세법 제21조에 따라 손금에 들어가지 않습니다.

회계처리와 납부 기한

용역 수주 과정에서 낸 인지세는 세금과공과(판매비와관리비)로 처리하며, 부동산 매입처럼 자산 취득 계약의 인지세를 원가에 넣는 방식과 구분됩니다. 예시의 7만 원은 차변 세금과공과, 대변 보통예금으로 적고 손금으로 인정됩니다. 과세표준 2억 원 이하 구간이면 법인세가 7,700원 줄어 실질 부담은 62,300원입니다.

종이 계약서는 종이문서용 전자수입인지를 붙여 납부하고, 기한은 작성일이 속하는 달의 다음 달 10일입니다(제8조). 나라장터 등 전자조달시스템 계약은 작성일 당일에 내야 합니다.

정리해보면

인지세는 법률에 따라 작성하는 도급·위임 문서에만 붙고, 지방계약법을 준용하는 출연기관의 도급문서도 과세대상입니다. 금액은 1통당 2만~35만 원이며, 같은 종이 계약서라도 지자체면 1통, 출연 재단이면 2통이 과세될 수 있습니다. 도장을 찍기 전에 상대방의 법적 지위와 원본 부수를 먼저 확인하세요.

—상대방 확인 — 국가·지자체·공공기관·지방공기업인지, 지방계약법을 준용하는 출연기관인지(지원금 비중·임원 임명·예산 승인 관여)

—금액 확인 — 1천만 원 초과 여부와 구간, 변경계약으로 금액이 늘면 구간 재확인

—통수 확인 — 전자계약인지 종이 계약인지, 원본 부수와 보관자, 지자체 계약이라 1통만 과세되는지

—부담 주체 확인 — 계약 특수조건에 인지세 부담자가 없으면 상대방과 미리 정하기

—기한 관리 — 종이 계약은 다음 달 10일, 전자조달시스템 계약은 작성일 당일, 늦으면 100~300% 가산세

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